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slurm-如何使用不在同一文件夹中的作业创建作业数组

我有一个像这样的文件夹结构: /home/01/01/script.R /home/01/02/script.R /home/01/03/script.R /home/02/01/script.R /home/02/02/script.R /home/…

╰ゝ天使的微笑 2025-01-26 03:35:43 2 0

dask_jobqueue中的工作,工人和任务

我正在使用带有DASK的Slurm群集,并且不太了解配置部分。文档对工作和工人进行了讨论,甚至有一个有关区别的部分: 在dask-distribed中,一个工人是一…

写下不归期 2025-01-25 20:54:07 5 0

Sbatch中的Sbatch提交脚本是否真的需要SRUN命令来运行预期的命令,还是可以直接运行它们?

我正在浏览给定的示例脚本,但它使用SRUN来运行命令。我对此表示怀疑。我可以在我的sbatch提交脚本中直接运行我想要的命令,例如,例如 bash main.sh …

指尖微凉心微凉 2025-01-25 15:06:57 0 0

Slurm使用的内存多于分配

如下图所示,我制作了一个sbatch脚本,以便运行10个作业阵列(具有1GB的内存分配)。但是,当我按照第二张图片显示时运行它时,所使用的内存是总内存…

倾城月光淡如水﹏ 2025-01-25 14:17:42 2 0

如何在Ubuntu上运行的Slurm中添加作业提交插件API?

我一直在使用此 link 将Slurm Workload Manager安装到Ubuntu 20.04。 我想启用作业提交插件API以执行 job_submit.lua 。添加行 jobsubmitplugins = lu…

你好,陌生人 2025-01-25 13:56:12 1 0

将Slurm帐户命令的输出捕获到Python Dictionary

我正在尝试捕获以下slurm的输出( ​-format =用户%10,Jobname%10,节点%10,start%10,End%10,经过%10,MAXRSS 输出以下输出: User JobName…

岁月静好 2025-01-24 22:31:18 2 0

绑定比Slurm OpenMPI中的CPU误差更多的过程

我正在尝试运行一项作业,该作业使用slurm上节点之间传递的明确消息(即不仅是运行并行作业),但是正在遇到一个反复出现的错误,即“提出与该请求绑…

她比我温柔 2025-01-24 13:33:53 6 0

dask-slurmcluster:[errno 104] peer的连接重置

我正在使用 xarray 与 slurmcluster 一起遇到问题。 我正在使用 pandas_plink 将某些数据加载到 xarray 中,然后对其进行过滤并进行一些计算。一切正…

一杆小烟枪 2025-01-24 04:26:17 2 0

作业在节点中死亡

我正在设置一个slurm群集,它有2个测试节点,我看到 PARTITION AVAIL TIMELIMIT NODES STATE NODELIST base* up 7-00:00:00 2 idle node[01-02] 我也…

王权女流氓 2025-01-24 04:22:41 3 0

Slurm Job Arrays在ArgParse中使用时不工作

我试图以不同的变量的值 - start_num 一次运行多个(即以并行方式)运行。然后,我设计了以下bash脚本, #!/bin/bash #SBATCH --job-name fmriGLM #jo…

森林散布 2025-01-23 12:07:46 3 0

在Slurm中运行并行作业

想知道我是否可以问一下有关并行运行slurm作业的问题。 我 ), 我已经设计了以下bash脚本 #!/bin/bash #SBATCH --job-name fmriGLM #job name을 다르…

套路撩心 2025-01-23 04:04:39 2 0

使用slurm运行python文件的正确方法是什么?

我使用的HPC要求我使用Slurm在计算上运行程序。目前,我在笔记本电脑上本地运行一个Python脚本,该脚本在循环中调用了一堆bash命令。例如,Python文件…

不语却知心 2025-01-22 23:37:25 8 0

使用pycharm远程运行非Python脚本

我正在使用Pycharm在SSH服务器上对Python进行远程部署和执行。但是,我也希望能够直接以相同的方式运行其他文件。例如,我想通过sbatch“运行”一个“…

那支青花 2025-01-21 08:22:17 4 0

SLRUM:当节点位于2个分区时,如何限制一个分区中特定节点的CPU数量?

事实上,我发现了一个与我非常相似的问题。唯一的区别是我的小集群中节点的CPU数量不同。 (类似的问题是这里) 例如,我的集群中的节点是: node1,3…

我的奇迹 2025-01-21 02:32:51 5 0

使用SRUN:如何设置节点和内核数

我刚开始使用 srun 等命令。 我想使用 1 个节点 1cpu 和 16 个核心启动并行作业,但我不知道在使用 srun 函数时应该指示什么。 (1个节点由2个CPU组成…

夜司空 2025-01-20 20:10:20 5 0
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