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在 slurm 上并行重复一项任务 100 次

我是集群计算的新手,我想在 python 上重复一项实证实验 100 次。对于每个实验,我需要生成一组数据并解决一个优化问题,然后我想获得平均值。为了节…

七色彩虹 2025-01-11 16:05:10 0 0

在 Java 中从字符串创建文件时添加了奇怪的字符

当尝试在 Java 中创建 bash 脚本(.sh 文件)时,随机字符会添加到文件的开头。 因此,使用 sbatch 命令提交脚本时,该脚本会被 SLURM 拒绝。 我的代…

十二 2025-01-11 02:51:21 1 0

一个输入文件产生多个输出文件

这是 Snakemake 的一种向后方法,其主要范例是“一项工作 -> 一项输出”,但我需要在 slurm 批处理作业提交集群上的同一输入矩阵上并行重新运行我的脚…

拍不死你 2025-01-10 16:05:05 0 0

通过 SLURM 连续运行多个文件,并设置单独的超时

我有一个在 HPC 上运行的 python 脚本,它获取文本文件中的文件列表并启动多个 SBATCH 运行: ./launch_job.sh 0_folder_file_list.txt launch_job.sh…

吻泪 2025-01-10 14:00:00 0 0

SBATCH -n 和 srun -np

在下面的 sbatch 脚本中,“np”(48) 优先于“ntasks”还是仅使用 24 个任务来运行。换句话说,当“np”大于“ntasks”或“np”等于“ntasks * N”时…

兔小萌 2025-01-10 12:55:41 0 0

SLURM 新资源管理

我是 SLURM 新手。 我有需要分配虚拟资源的工作。 在 LSF 中有一个名为 lsb.resources 的文件,它可以帮助我们为创建的每个资源设置最大值。 然后,在…

素食主义者 2025-01-10 12:30:13 0 0

彼此独立地运行并行 bash 命令

我有一个由 40 个 nproc 组成的集群,其中我的软件一次使用 10 个核心。 我想从单个 bash 脚本一次运行 4 个任务(作业脚本),每当一个任务完成时,…

孤单情人 2025-01-10 09:41:23 0 0

在 Slurm 中运行 Python 脚本

我最近开始了一项新工作,需要通过 Slurm 在 HPC 上运行一些脚本。 我的脚本是用 Python 编写的,因此我想使用 .slurm 文件中的 python script.py 执…

忆沫 2025-01-10 06:52:29 0 0

配置 Slurm 使其具有比内核更多的 MPI 任务

我正在一组 Raspberry Pi 4 上设置 Slurm。我已成功在 24 RPi 集群上配置和使用 Slurm,并允许每个 RPi 执行 4 个 MPI 任务。因此,如果我对所有节点…

菩提树下叶撕阳。 2025-01-09 17:47:42 1 0

在 SLURM 作业脚本中设置和传递字符串变量

我有一个 SLURM 作业脚本,如下所示: #!/bin/bash #SBATCH -o ./out/%x.%j.%N.out #SBATCH -e ./out/%x.%j.%N.err #SBATCH -D ./ #SBATCH -J matlab_…

安静 2025-01-09 17:40:47 0 0

提交的作业是否会复制源文件?作业排队?

使用 sbatch 提交作业时,我的可执行文件的副本是否会被带到计算节点?或者它只是执行 /home/user/ 中的文件?有时,当我杂乱无章时,我会提交一个作…

情魔剑神 2025-01-08 23:43:22 0 0
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