处理配置选项中的环境变量
我有一个带有如下配置选项的snakemake命令行： snakemake --config \ f1=$PWD/file1.txt \ f2=$PWD/file2.txt \ f3=/path/to/file3.txt \ ...more key…
使用函数定义文件输入时出现 InputFunctionException
非常感谢您对 Snakemake 工作流程的帮助。我一直在使用函数为我的第一个 Snakemake 规则定义输入文件，从样本数据帧中识别配对的 fastq 文件。这效果…
Snakemake - 从集群提交包装器访问配置变量
我正在使用带有 snakemake --cluster "python qsub_script.py" 的集群提交包装器脚本。我需要传递一个从 config['someVar'] 获取的全局变量。这应该适…
Snakemake 扩展正在生成两个通配符的意外组合
在之前的 StackOverflow 回复的帮助下，我使用样本数据帧读入文件信息，包括样本和批次来处理序列文件列表。在我的规则 all 中，我使用 Expand 和 zip…
当之前的规则有一些输出失败时执行下游 Snakemake 规则
在规则脚本中，我有一些示例失败，但大多数都通过了。我希望 Snakemake 看到这些失败并继续使用下游规则 build_script_table。我不太确定该怎么做。对…
用于命名依赖于多个变量的 Snakemake 管道输出文件的不同方法有哪些？
我编写了一个 Snakemake 管道，旨在在每次运行期间使用用户在新配置文件中提供的不同变量再次运行。 config.yml： param_a: 100 #filter dataset rule…
如何编写没有输出的 Snakemake 规则？
我的 Snakefile 有一个 print_to_screen 规则没有明确的输出文件。下面是一个简化的例子： rule all: placeholder_output # What should I put here? …
将规则_1 输出目标文件与规则_2 输入目标文件链接起来。文件夹[snakemake]
我正在尝试在snakemake中创建一个具有两个规则的工作流程： pool_files，它从保存在不同文件夹中的基因组列表中创建每个基因组的副本到同一文件夹 run…
生成多个带有通配符的文件，然后合并为一个
我的 Snakefile 有两条规则：一条使用通配符生成多组文件，另一条将所有内容合并到一个文件中。我是这样写的： chr = range(1,23) rule generate: inp…
Snakemake：如何强制创建所有 conda 环境
我知道通过添加选项 --conda-create-envs-only 您可以为工作流程创建 conda 环境。但是，是否可以在事先不知道工作流 DAG 的情况下强制创建 workflow/…
使用snakemake的参数空间自定义模式
是否可以将自定义 wildcard_pattern 和 instance_patterns 与 snakemake.utils.Paramspace？ 示例： 说 Paramspace 看起来像这样 import snakemake im…
Snakemake 中的互连变量
假设我有示例 SAMPLE_A，分为两个文件 SAMPLE_A_1、SAMPLE_A_2 并与条形码 AATT、TTAA 和 SAMPLE_B 关联code>与条形码CCGG、GGCC、GCGC关联，分为4个…
预安装 conda envs Snakemake
当尝试运行 Snakemake 时，我总是必须安装/下载 conda envs。 (snakemake) (ec2-user)$ bash run_snakemake.sh Building DAG of jobs... Creating con…
是否可以在 Snakemake 文件的所有规则中传递一组（多个）通配符？
所以，由于我是 Snakemake 的新手，我不确定我是否完全理解它，所以尽我最大的努力以我理解的方式。我正在尝试运行我的规则，该规则实际上使用另一个…
