snakemake：丢失inputexception缺少输入文件
我是Python的初学者，但我必须运行一个带有规则文件和配置文件的Snakemake脚本。但是我被这个错误所阻挡： MissingInputException(job.rule, missing_…
如何通过扩展输入来定义snakemake规则的参数
我有这种格式的输入文件： dataset1/file1.bam dataset1/file1_rmd.bam dataset1/file2.bam dataset1/file2_rmd.bam 我想与每个命令一起运行一个命令…
错误试图将多个文件用作snakemake中的输入
我正在尝试将某些文件作为生物信息学工具的输入。我的基本代码如下： configfile: "config.yaml" WORK_DATA = config["WORK_DATA"] rule all: input: …
是否可以使用Wildcard_constraints将某些关键字排除在与Snakemake匹配之外？
我有一个规则可以根据一组变量来计算新变量，这些变量分为不同的文件。我还有另一个规则来计算整个数据库中所有不同变量的平均值。我的问题是，Snakem…
Snakemake规则使用通配符简化文件名
输入数据 . ├── barcode01 │ └── fastq_runid_6292747b0109c4fa5918c50eb8204bb715f19ad0_0.fastq ├── barcode02 │ └── fastq_runi…
无效线程定义：条目必须定义为规则=线程对（线程为正整数）。无可避免的值
您是否注意到 set-threads 不适合最近版本的snakemake？ 看起来很长，但您只需要复制/粘贴即可。这是一个MRE： mkdir snakemake-test && cd snakemake…
在snakemake配置文件中添加`shell.prefix（）`？
为了在脚本规则中使用 conda激活myenv ，我应该 shell.prefix("source /usr/local/genome/Anaconda3/etc/profile.d/conda.sh;") 在Snakefile的开头添…
Snakemake：特定规则文件的导出DAG
我知道我们可以用命令导出snakemake管道的dag， snakemake --dag | dot -Tpdf > dag.pdf 我的管道在不同的.rules文件中分开，可以独立运行。 我想生成…
Snakemake Expand（）仅适用于列表的第一个元素
我正在尝试扩展两个具有相似名称结构的文件，只有一个比另一个更长。 x=expand( [ "results/qc/{u.sample}.foo.txt", "results/qc/{u.sample}.foo.bar…
集成 conda env 的 Snakemake 未正确安装
我的snakemake管道中有一条规则来运行multiqc： rule summaryReport: input: fastqc_forward = expand(final_path + "/fastqc/{sample}_R1_fastqc.htm…
Snakemake 警告用于生成一个或多个输出文件的代码已更改，但它们尚未更改
我遇到了一个问题，当我试运行（或真正运行）规则时，我收到此消息... The code used to generate one or several output files has changed: To insp…
在slurm资源指令中使用snakemake使用通配符
我正在使用 Snakemake 创建规则并通过 slurm 在我们的 HPC 上提交作业。为了使输出“更漂亮”，我希望能够在资源指令中设置 job_name 参数，以便将使…
为 Snakemake DAG 中的每条规则指定颜色
我正在运行 snakemake -n -c1 -dag |点-TSVG＆gt; dag.svg 获取DAG文件。 我想知道我是否可以以某种方式为每个节点设置配色方案。例如，在下图中，规…
如何在 Snakemake 管道中运行 bash 脚本
我想在Snakemake管道中运行一个bash脚本。但是我不知道如何在bash脚本中调用snakemake的输入和输出。 snakemake： rule xxx: input: "input.vcf" outp…
