Snakemake：扩展错误定义输出文件夹
我有一个基于 但是，在将代码应用于大量文件夹之前，我想看看是否可以更好地了解较早版本的代码中出了什么问题。 这是Snakemake代码： import pandas …
如何将.txt文件中的每一行用作snakemake的新输入
我在其中有一个“ filenames.txt”文件： a.txt b.txt c.txt d.txt 我想将这些行用作snakemake中的输入。有人知道我该怎么做吗？…
如何使用snakemake＆quot oser_missing＆quot =正确？部分野生_Card？
我有一个在不同子文件夹中的输入文件列表，每个文件夹都有不同数量的文件，其中有两个通配符示例和ID。对于输出，这些名称也将存在： sample = sep = …
请向我解释为什么我在Snakemake中遇到这个错误？我几天都在努力，请告知我怎么了
我在snakemake中写了这条管道来处理我的fastq文件并获得原始计数，但是由于某种原因，我在最后一个规则（featurecounts）中不了解我的错误：我遇到了…
如何记录从snakemake中脚本到达的错误消息
我正在尝试使用自定义的Python脚本构建一条Snakemake管道。 我的一些脚本陷入了错误，导致管道关闭。 但是，尽管在Shell输出中，我几乎看不到导致关闭…
通过使用通配符在文件名中更改文件名（在snakemake中）中的索引来迭代一条规则的一种方法
我试图在snakemake中创建一个迭代规则。我在数据/称为basic_0中有一个空文本文件。我希望通过调用 $ snakemake data/basic_ x＆gtxt; .txt -cores -co…
Snakemake规则日志/基准通配符在检查点之后与输出通配符不匹配
我正在运行一个带有检查站的Snakemake工作流程，在某个时候我收集了以前未知数的输出文件。然后，SnakeMake应使用下一个规则的文件编号创建许多任务，…
在snakemake中，使用一个未知变量，使用Expand（）的最佳方法是什么？
我目前正在使用Snakemake进行生物信息学项目。给定人参考基因组（HG19）和一个BAM文件，我希望能够指定具有相同名称但不同扩展名的多个输出文件。这是…
Snakemake：“输出”的不匹配的通配符变量值规则
我正在遇到一个似乎在文件夹之间持续不断发生的问题。 本质上，我认为我有一条Snakemake管道，可以将文件复制到文件夹中（对于不同的子文件夹的目的地…
Snakemake：通配符不会在规则的脚本行中扩展
我正在运行管道，并试图通过在配置文件（config.yaml）中声明路径来对其进行优化。 config.yaml文件包含找到可以在管道内运行的脚本的路径，但是当我…
缺少输入文件错误用于Snakemake中的扩展输入
我一直遇到一个无法解决的奇怪错误。我在Ubuntu 20.04机器上使用Snakemake 7.8.2在Conda环境中使用（也尝试在我们的群集上运行此操作，并且发生了相同…
snakemake：如何对glob_wildcards（）排序
如何使用glob_wildcards（）以字母顺序获取文件？ 假设我在同一目录中有Sample1.txt，Sample2.txt，Sample3.txt和Sample4.txt。 当我运行此代码时： f…
我如何为snakemake中的conda设置默认的python版本
我正在运行一条NGS管道，据说该管道旨在在Python 3.6上运行。如果我刚刚使用Python 3.10运行，我会遇到一些错误和警告。 因此，我正在从安装了Python …
snakemake fasterq-dump包装器属性：＆＃x27;通配符＆＃x27;对象没有属性＆＃x27; compersion＆＃x27;
我正在尝试使用在我的snakemake工作流中，以下载配对 - 端fastq.gz文件。这是我的蛇： # read a .txt file including many SRR* accession number imp…
