用于生物信息学/生物统计学/医学研究的 Clojure 或 Scala
Closed. This question is opinion-based. It is not currently accepting answers. 想要改进这个问题？更新问题，以便可以通过编辑这篇文章用事实和…
如何将文件作为输入并忽略换行符
以下是fasta fileA的内容： >1 PLAARRPRRGKSLAGFESLACSFPVVSRGFLASRSARSLSSEGGTMPDNRQ PRNRQPRIRSGNEPRSAPAMEPDGRGAWAHSRAALDRLEKLLRCSRCTNIL REPVC…
Matlab：具有统一绘图列高度的 seqlogo
在Matlab中，我想制作一个seqlogo图氨基酸序列概况。但我不希望通过熵来缩放绘图列的高度，而是希望所有列具有相同的高度。 我正在修改 答案中的代码…
使用curl向reactome.org发送SOAP查询
（注意：这个问题交叉发布在 Biostar ） 大家好， 我正在尝试将 RPC 编码的 SOAP 查询发送到 Reactome（生物途径数据库），使用curl： 我想调用远程方…
有没有类似于 PyCogent 的库，但是是 Java（或 Scala）语言的？
我正在写一个生物进化模拟器。目前，我的所有代码都是用 Python 编写的。在大多数情况下，这很棒，一切都运转良好。然而，这个过程中有两个步骤需要很…
在 Ruby 中处理染色体数据
假设我有一个正在使用 Ruby 处理的染色体数据文件， #Base_ID Segment_ID Read_Depth 1 100 2 800 3 seg1 1900 4 seg1 2700 5 1600 6 2400 7 200 8 15…
R：ape/phylobase：无法将超度量、二叉树转换为 hclust 对象（警告消息）
我使用 ape 函数和 ape 包的 read.tree 函数在 R 中导入了 ClustalW2 树。我使用 chronopl 函数估计分子年龄，从而生成超量度二叉树。我想从中创建树…
