如何在 Mac OsX.6 中强制使用 python 2.6_64bit 进行单个 shell 会话？
我正在尝试运行生物信息学程序 Stampy，它需要 64 位安装 python 2.6。我可以通过键入启动 64 位安装 arch -x86_64 /usr/bin/python2.6 ，但是当我从 …
应用于biostrings包函数的BSgenome数据加载问题
我安装了 BSgenome 似乎可以工作，但无法加载库。以下代码来自 Biostrings 包， > require(BSgenome) > require(Biostrings) > library(BSgenome.Dmel…
如何用Python将序列发送到Web基因预测服务器？
我目前正在做一些关于“从头开始基因预测”程序的项目。 我发现了一些有趣的网络基因预测服务器，例如“FGENESH”和“GenScan”。 网址如下： http://…
在 Windows 中设置 Eclipse 以进行 Cytoscape 插件开发
首先我要说的是，我不是一个非常有经验的程序员，如果您能够完全指定您可能会跳过提及的任何步骤，我将不胜感激。 我目前正处于 Cytoscape 插件开发的…
如何确定给定值属于哪个范围？
我有两个数据集：“数据 1”和“数据 2”。您能否帮我找到“数据 1”中 posi 的每个值，“数据 2”中 posi 位于 Star_posi 和 end_posi 之间的范围。 …
查找SNP在gen列表中的位置
我有 SNP 数据和基因列表数据。当我与基因列表进行比较时，我正在寻找基因列表数据中 SNP cotain 的位置。例如： SNP 数据： Pos_start pos_end 14185…
如何用perl找到a位置和b位置的Mod值
现在我有了数据（txt 文件）。如何求a位置和b位置的Mod值。 例如： my data: posi 13628 16195 GTG GAA BL4_0018 14185 14185 T C 20000 16543 ATG GA…
比较 Clojure 中的两个大文件（即，在顶帽比对中查找未映射的读取）
问题：查找一个文件中存在但另一文件中不存在的 id。每个文件约 6.5 GB。具体来说（对于生物信息学领域的人），一个文件是测序读数的 fastq 文件，另…
如何可视化生成的 RNA 二级结构
我正在开发一种可视化 RNA 二级结构的工具，为此我实现了 Nussinov 算法，该算法将 RNA 二级结构生成为具有相应索引的列表，代码可以在此处找到 [0] […
Biopython 中带间隙对齐的 PWM
我正在尝试通过 Clustalw 多序列比对在 Biopython 中生成位置加权矩阵（PWM）。每次我使用间隙对齐时都会收到“字母表错误”错误。通过阅读文档，我认…
