将字符串列表写入文件
我有一个缩写列表 Letters = ['Ala', 'Asx', 'Cys', ... 'Glx'] 我想将其输出到一个文本文件，如下所示： #Letters Ala、Asx、Cys、..... Glx Noob 程…
BioPython 字母汤
Biopython noob 这里，我正在尝试创建一个程序，该程序使用 Biopython 包 Alphabet 和字母表模块 IUPAC 将列出的类的字母写出到名为 AlphabetSoupOupu…
如何在 python 中比较两个 CSV 中的列？
你好 我有两个 CSV 文件作为输入，例如： file1 : AK163828 chr5 s1 + e1 cttt 4 AK163828 chr5 s2 + e2 gtca 4 AK168688 chr6 s3 + e3 ggcg 4 AK1686…
在 Python 的 ASCII 文件中查找/替换带注释的子字符串
我在正在进行的生物信息学项目中遇到了一些编码问题。基本上，我的任务是从数据库中提取基序序列并使用该信息来注释序列比对文件。比对文件是纯文本，…
定义计算氨基酸相对频率的函数
我正在尝试计算给定 DNA 序列内的密码子频率。 例如： sequence = 'ATGAAGAAA' codons = ['ATG', 'AAG', 'AAA'] 对于密码子中的 XX： frequency = cod…
是否有一个函数可以计算给定比对参数的比对序列的分数？
我尝试对已经对齐的序列进行评分。 假设 seq1 = 'PAVKDLGAEG-ASDKGT--SHVVY----------TI-QLASTFE' seq2 = 'PAVEDLGATG-ANDKGT--LYNIYARNTEGHPRSTV-QLG…
C++ - 输出给定长度的所有可能的DNA kmers
“kmer”是长度为 K 的 DNA 序列。有效的 DNA 序列（就我的目的而言）只能包含以下 4 个碱基：A、C、T、G。我正在寻找一种 C++ 算法，它可以简单地将…
验证 C/C++ 中的 DNA
我正在迭代 DNA 序列，一次将 5-15 个碱基的块拉出到 C++ std::string 对象中。有时，我的字符串会包含非 ATCG 碱基，我想在发生这种情况时采取行动。…
