搜索允许字符串任意位置存在一个不匹配的字符串
我正在处理长度为 25 的 DNA 序列（参见下面的示例）。我有一个 230,000 个列表，需要查找整个基因组（弓形虫寄生虫）中的每个序列。我不确定基因组有…
原生 Python 中的 DNA 序列比对（无 biopython）
我有一个有趣的遗传学问题，我想用原生 Python 来解决（没有标准库之外的东西）。这是为了使该解决方案能够非常容易地在任何计算机上使用，而不需要用…
是否有任何现有的解决方案可以通过网站前端创建通用 DNA 序列数据库？
我想为我工作的实验室创建一个带有网络前端的 rRNA 序列数据库。在生物学中，想要使用 BLAST 和 HMMER 等比对算法搜索大量序列似乎很常见，所以我想知…
从几个给定的集合中生成所有可能的 DNA 序列
我已经尝试解决这个问题有一段时间了，但一直无法想出一个好的解决方案。这里是： 给定多个集合： set1: A, T set2: C set3: A, C, G set4: T set5: G…
根据常见的子模式对短的同质字符串（DNA）进行聚类并提取类别的共识
任务： 将大量短 DNA 片段聚类到共享共同子序列模式的类别中，并找到每个类别的共有序列。 泳池：约。 300 个序列片段 每个片段 8 - 20 个字母 4 个可…
生成具有取代率的合成 DNA 序列
给定这些输入： my $init_seq = "AAAAAAAAAA" #length 10 bp my $sub_rate = 0.003; my $nof_tags = 1000; my @dna = qw( A C G T ); 我想生成： 一千…
