获取 DNA 子串的原始顺序
我想获取长DNA序列的子串 例如，给定： 1/ATXGAAATTXXGGAAGGGGTGG 2/AATXGAAGGAAGGAAGGGGATATTX 3/AAAAAATTXXGGAAGGGGXTTTA 4/AAAATTXXATAXXGGAAGGGGX…
DNA序列的混沌游戏
我已经尝试过使用mathematica代码来制作这个地址中发布的DNA序列的混沌游戏： http://facstaff.unca.edu/mcmcclur/blog/GeneCGR.html 就像这样： geno…
计算 R 中两个基因序列之间的百分比差异
我还没能在问题或 R 包中找到这个，希望很简单。 假设有两个基因序列： Sequence A: ATG CGC AAC GTG GAG CAT Sequence B: ATG GGC TAC GTG GAT CAA …
查找SNP在gen列表中的位置
我有 SNP 数据和基因列表数据。当我与基因列表进行比较时，我正在寻找基因列表数据中 SNP cotain 的位置。例如： SNP 数据： Pos_start pos_end 14185…
Biopython 中带间隙对齐的 PWM
我正在尝试通过 Clustalw 多序列比对在 Biopython 中生成位置加权矩阵（PWM）。每次我使用间隙对齐时都会收到“字母表错误”错误。通过阅读文档，我认…
需要帮助读取文件中的信息
所以我在链表中有DNA字母链（A，G，T，C），并且应该从一个看起来像这样的文件中读入： I[tab] ATT\n I[tab] ATC\n (etc) L CTA L CTG V GTA V GT…
需要有关 Excel 和 VBA 字符串处理和存储限制的信息以及建议的解决方法
根据此 Microsoft 博客文章 最大字符串对于 MS Office 2010，每个单元格的长度为 32k；我也通过测试证实了这一点。问题是我的字符串（DNA 序列）远高…
用于在两个很长的文本序列中查找唯一集合的快速算法
我需要比较 X 和 Y 染色体的 DNA 序列，并找到 Y 染色体特有的模式（由大约 50-75 个碱基对组成）。请注意，这些序列部分可以在染色体中重复。这需要…
搜索允许字符串任意位置存在一个不匹配的字符串
我正在处理长度为 25 的 DNA 序列（参见下面的示例）。我有一个 230,000 个列表，需要查找整个基因组（弓形虫寄生虫）中的每个序列。我不确定基因组有…
原生 Python 中的 DNA 序列比对（无 biopython）
我有一个有趣的遗传学问题，我想用原生 Python 来解决（没有标准库之外的东西）。这是为了使该解决方案能够非常容易地在任何计算机上使用，而不需要用…
是否有任何现有的解决方案可以通过网站前端创建通用 DNA 序列数据库？
我想为我工作的实验室创建一个带有网络前端的 rRNA 序列数据库。在生物学中，想要使用 BLAST 和 HMMER 等比对算法搜索大量序列似乎很常见，所以我想知…
