ggplot2 不存在于 python 的 rpy2 中?
我正在 Python3.2 中使用 rpy2 v2.1.9,我不明白为什么我不能使用库 ggplot2 import rpy2 from rpy2.robjects import r r.library("ggplot2") 这是我…
RPy2 robjects.r.pie 给出了奇怪的错误“'x'”值必须为正”
我感觉自己很傻,但我似乎无法解决这个问题。我正在尝试使用 Python 中的 rpy2 制作饼图。 from rpy2.robjects import r import os.path image = "tes…
如何在Python中实现R的p.adjust
我有一个 p 值列表,我想计算 FDR 多重比较的调整 p 值。在 R 中,我可以使用: pval <- read.csv("my_file.txt",header=F,sep="\t") pval <- pval[,1…
RPy2 和 Bioconductor:基因表达示例
我正在尝试弄清楚如何在 Bioconductor 中进行经典基因表达示例使用 Rpy2,我一开始就陷入困境。你如何加载数据?在 R 中,我们这样做: > library('AL…
windows 中的 pickle rpy2 对象
我在 Windows 上使用 rpy2 V2.0.8。我正在使用 rpy2 进行分类,并希望保存(pickle)模型(例如 glm 的输出)。然而,据我所知,V2.0.8不支持pickling…
python程序在没有信息的情况下在pbs中被杀死
我正在 pbs_torque 管理的集群中使用 rpy2 运行一个简单的 Python 程序。我的问题是,同一段代码可以完美地工作,而其他时候则在没有逻辑原因或错误跟…
OSX Lion 上的 rpy2 错误
我已经尝试从源(python setup.py install)和macports安装rpy2(成功终止),并且在尝试导入rpy2时,我收到此错误: /Library/Python/2.7/site-packa…
numpy2ri 与 rpy2 2.2.2 的转换问题
我将 rpy2-2.2.2 与新的免费 Enthought python 发行版一起使用,其中包括 numpy 1.6.0 和 python 2.7.2。我 easy_installed rpy2 导致安装了 v.2.2.2 …
在 os x 10.6 上安装 rpy2 时出错:无法执行 gcc-4.0
我正在尝试使用 pip with: 安装 rpy2 $ sudo pip install rpy2 ,退出时出现错误: gcc-4.0 -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -arch ppc -a…
rpy2 中的错误 - 没有(非缺失)观察结果
我正在 Ubuntu 1104 上使用 rpy2。我正在遵循 COX 文件。文件中给出的步骤是在 R 中。我必须使用 rpy2 在 python 中执行相同的步骤。 我没有得到任何…
在 Mac OS X 10.6.8 上安装 rpy2 2.2.1 时出错
我正在尝试从下载的源存档“rpy2-2.2.1.tar.gz”安装 rpy2。我一直遵循 rpy2 文档。这就是我正在做的: tar -xzf rpy2-2.2.1.tar.gz cd ~/Desktop/rpy…
在 Windows 上编译 rpy2 需要什么设置?
我已经能够从 Source Forge 的 .msi 安装 rpy2 v2.0.8,但我想使用包含软件包代码的最新版本,即v2.1.9。 我正在尝试在 Windows 中编译 rpy2 (python …
使用 rpy2 访问名称中带有点的函数(例如“as.vector”)
我正在尝试使用 rpy2 从 Python 中访问“as.vector”R 函数。假设,为了简单起见,我想使用 rpy2 (R 代码)做一些简单的事情: x <- as.vector(c(1, …
有人用过 rpy2 和 py2exe 吗?
我希望将一些使用 RPY2 运行 R 函数的 Python 代码移植到使用 py2exe 的 dll 中,然后最终移植到 COM 对象,以便与协作者的 C# 项目集成。 如果将 rpy…