qsub

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使用 qsub/torque 提交作业时排除某些节点?

使用 qsub 提交批处理作业时,有没有办法排除某个节点(按主机名)? 像这样的东西 # this is just a pseudo command: qsub myscript.sh --exclude co…

深居我梦 2025-01-04 21:50:00 1 0

MATLAB 如何在文件执行时处理文件更改?

假设您开始运行该脚本。当您在执行该文件时更改该文件会发生什么? MATLAB 似乎会获取该文件的副本,然后开始执行它。我想确定我是对的。也就是说,我…

淡淡绿茶香 2025-01-04 20:50:08 1 0

我可以在使用 qsub 提交 shell 脚本后删除它而不影响作业吗?

我想使用 qsub 提交一堆作业 - 这些作业都非常相似。我有一个带有循环的脚本,在每个实例中它都会重写文件 tmpjob.sh ,然后执行 qsub tmpjob.sh 。在…

回忆那么伤 2025-01-03 19:28:24 1 0

将 qsub (sge) 与多线程应用程序结合使用

我想向我正在使用的集群网络提交一个多线程作业 - 但是关于 qsub 的手册页并不清楚这是如何完成的 - 默认情况下,我猜它只是将其作为正常作业发送,而…

心病无药医 2024-12-18 18:17:34 2 0

如何设置 qsub 在 job1 完成后五秒(或任何所需的值)运行 job2?

目前我所做的是估计 job1 何时完成,然后使用“#PBS -a [myEstimatedTime+5]”指令为 job2 运行 qsub。但我对我的方法不满意,因为有时它会超过/低于…

意中人 2024-12-01 18:43:22 2 0

python程序在没有信息的情况下在pbs中被杀死

我正在 pbs_torque 管理的集群中使用 rpy2 运行一个简单的 Python 程序。我的问题是,同一段代码可以完美地工作,而其他时候则在没有逻辑原因或错误跟…

妄想挽回 2024-11-27 22:18:04 3 0

让 qsub 阻塞直到工作完成?

目前,我有一个驱动程序,它运行数千个“有效负载”程序实例,并对输出进行一些后处理。驱动程序当前使用 shell() 函数从多个线程直接调用有效负载程…

阿楠 2024-11-07 05:11:59 9 0

将 Perl 生成的脚本提交到 SGE 时捕获作业 ID

Perl 无法打开同时运行的命令管道,这会导致通过 qsub 提交到 SGE 时出现问题,因为我丢失了提交的作业 ID。如何将生成的脚本提交给 SGE 并捕获 SGE …

本宫微胖 2024-11-03 08:26:55 7 0

SGE - QSUB 无法在同步模式下提交作业

我有一个 perl 脚本,它准备文件以输入到二进制程序,并将二进制程序的执行提交到 SGE 排队系统版本 6.2u2。 使用 -sync y 选项提交作业,以允许父 Pe…

寂寞笑我太脆弱 2024-10-15 11:39:29 10 0

在 GridEngine 集群的多个节点上运行作业

我可以访问一个 128 核集群,我想在该集群上运行并行作业。该集群使用 Sun GridEngine,我的程序编写为在 Python 2.5.8 上使用并行 Python、numpy、sc…

末骤雨初歇 2024-09-26 11:54:54 10 0

以 qsub 启动的 shell 脚本的参数

如何参数化在网格上执行的 shell 脚本(以 qsub 开头)?我有一个 shell 脚本,我使用 getopts 来读取参数。 当我使用 qsub 启动 (qsub script.sh -r …

天气好吗我好吗 2024-09-15 02:30:24 12 0

“令人尴尬地平行”在集群上使用 python 和 PBS 进行编程

我有一个可以生成数字的函数(神经网络模型)。我希望在带有 Torque 的标准集群上使用 PBS 来测试来自 python 的多个参数、方法和不同输入(意味着数…

苦笑流年记忆 2024-09-10 22:26:34 14 0

从 Sun Grid Engine 上使用 qsub 提交的进程获取退出代码

我想通过 Sun Grid Engine(现在:Oracle Grid Engine?)上的 qsub 提交作业。我不想使用 -sync yes 选项或 qrsh,因为我希望我的控制程序是单线程的…

苏辞 2024-09-06 05:13:34 16 0

有人有在 ClusterVisionOS 上运行集群的经验吗?

我目前正在使用 ClusterVisionOS 3.1 开发集群。这将是我第一次使用集群,所以我可能还没有尝试过“显而易见的”。 我可以使用“qsub”命令向集群提交…

场罚期间 2024-08-25 05:56:18 12 0

如何限制同时运行的 PBS 作业的数量

我有一个 64 节点集群,运行 PBS Pro。如果我提交数百个作业,我可以同时运行 64 个作业。这很棒,除非所有 64 个作业恰好都接近 I/O 限制,并且正在…

东京女 2024-08-17 19:42:08 13 0
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