phyloseq

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使用另一个分类变量订购X轴分类变量

我有一个数据框,如下所示: Class ID Stage Abundance Substrat OTUA rep1 A-X1 123 G OTUA rep2 A-X1 234 PC OTUA rep3 A-X1 [numerical values] [o…

末骤雨初歇 2025-02-03 17:36:19 5 0

我如何生成用于丰度的散点图和带有门索对象的数值变量?

我在R中有一个Teyloseq对象,并且我想生成散点图,以显示单个分类单元与样本数据中的数字变量之间的关联(即我在x轴上的变量,y轴上的特定分类单元)…

久而酒知 2025-02-02 19:05:06 2 0

计算每个样品中的最高分类单元

我需要计算我的Thyloseq对象的每个样本中的前6个分类单元。看来这应该是一个简单的请求...但是我无法找到这样做的方法! 谢谢…

浅笑依然 2025-01-30 19:31:33 3 0

phyloseq:使用tax_glom前后otu计数的差异

也许我错过了tax_glom如何工作的一些内容,但由于我在这里或网络上的其他地方都没有找到任何信息,也许这里有人可以提供帮助。 我不提供数据,但可以…

仲春光 2025-01-19 17:45:17 4 0

无法在 R 包 Divnet 生成的 phyloseq 对象上按组绘图

我打算绘制我的样本的 alpha 多样性图,该图由三组组成。 Alpha多样性是通过R包Divnet计算的。它涉及使用 phyloseq 作为依赖项。 每个样本的组在 phyl…

怀里藏娇 2025-01-14 06:54:54 3 0
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