部分模式匹配到子集Fasta列表
我仍然有点新的R，并且从未使用过R中的FASTA文件，所以这里是...我试图将包含Uniprot的FastA序列的列表（79052列表）归为列表。函数名称（myfasta.fil…
将文件夹中的fasta文件连接到python中的单个文件中
我在当前工作目录中的文件夹中存储了多个FastA序列文件（称为“序列”），并试图将所有序列组合到单个文件中以运行Muslce多序列对齐。 这就是我到目前…
使用生物库读取Django中上传的Fasta文件
在index.html中我使用了 ＆lt; input type =“ file” name =“ upload_file”＆gt; in Views.pys.py from Bio import SeqIO def index(request): if …
滑动窗口算法分析 fasta 段的值
我有一个随机 fasta 文件的两个片段 1 Segment1 AAGGTTCC 2 Segment2 CCTTGGAA 我有另一个包含二核苷酸能量值的随机数据集，如下所示 AA -1.0 AG -2.0…
使用 R 中的滑动窗口函数比较两个数据框中存在的值
我们有两个数据框， Data frame 1 sl no. Segment_name Segment 1 Segment1 AACG 2 Segment2 ACTG 3 Segment3 GTCA Data frame 2 sl no. Dinucleotide…
在文本 (fasta) 文件中将换行符向下游移动 5 个位置
我正在尝试转换这样的文本文件（fasta 格式）： >seq1 AAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAA ATGATGATGGAATGAGGAT TTAGGAGGG…
在biopython中获取ID和蛋白质序列
我有这个代码。 from Bio import SeqIO for seq_record in SeqIO.parse("aminoacids.txt", "fasta"): print(seq_record.id) print(repr(seq_record.se…
如果 FASTA 文件包含多路复用数据，如何将其上传到 R？
我希望使用seqinr方法上传fasta文件进行R进行分析。但是，它们是多重序列。 library(seqinr) dnafile <- system.file("sra_data-3.fasta", package = …
更新字典 python 中的键名
我在字典中有以下 fasta 文件，其形状如下： from Bio import SeqIO alignment_file = '/Users/dissertation/Desktop/Alignment 4 sequences.fasta' s…
如何根据多个文件中的文件名重命名fasta标头？
我有一个包含多个 fasta 文件的目录，命名如下： BC-1_bin_1_genes.faa BC-1_bin_2_genes.faa BC-1_bin_3_genes.faa BC-1_bin_4_genes.faa 等（大约 2…
如何使用biopython将fasta文件中的seqID替换为新的seqID
我有一个 fasta 文件，其内容如下： >00009c1cc42953fb4702f6331325c7cc TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGGTTGTTAAGTCAGTGGT…
如何将编辑后的标题保存在原始 fasta 文件中？
您好，我正在尝试使用 seqkit 编辑 fasta 文件的标头，我已经能够做到这一点，但我无法保存它！ 我用来编辑多个 fasta 文件的文件名的命令，并使用 re…
如何修改fasta文件的标头并将其与另一个文件的信息合并？
我有一个巨大的 fasta 文件，其形式如下： HQ323811.1 白冷杉 tRNA-Leu (trnL) 基因，内含子；叶绿体 GGGCAATCCTGAGCCAAATCCGGTTCATAGAGAAAAGGGTTTCTC…
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