如何连接由 Bio.SeqIO.index 创建的两个或多个字典？
我希望能够连接存储在“indata”和“pairdata”中的两个“字典”，但是这段代码 indata = SeqIO.index(infile, infmt) pairdata = SeqIO.index(pairfi…
使用biopython解析Fasta文件描述
我有一个带有详细描述的 fasta 文件（下面提到了第一个序列）。我需要选择特定的描述字段。当我使用以下代码时；整个描述进入字符串。 from Bio impor…
python脚本问题
我正在尝试运行 python 脚本，出现的错误是： Traceback (most recent call last): File "/opt/erange/geneMrnaCountsWeighted.py", line 266, in mai…
如何在 Cygwin 上设置 PYTHONPATH？
在 Biopython 安装说明中，它说如果 Biopython 不起作用，我应该这样做： export PYTHONPATH = $PYTHONPATH':/directory/where/you/put/Biopython' 我…
Biopython 中带间隙对齐的 PWM
我正在尝试通过 Clustalw 多序列比对在 Biopython 中生成位置加权矩阵（PWM）。每次我使用间隙对齐时都会收到“字母表错误”错误。通过阅读文档，我认…
Biopython 无法在 Window 7 64 上工作（导入 Bio 功能无法工作）
我在使用 biopython 时遇到问题，因为我的“导入生物”不起作用。 我有 Window 7 64 位系统和 Python 2.7.1，安装了 Piston、Django 和 NumPy 站点包…
获取 BLAST 结果的前 10 个序列 Bio Python
我想获得 BLAST 结果的前 10 个序列（只是序列，没有比对或分数或 e 值等）。我正在输入一个包含 5 个 fasta 文件的文本文件。所以我的输出应该是每个…
Biopython 在 Enthought Python 发行版中导入？
我正在使用 Enthought Python Distribution v7.0-2（32 位）并且我我在导入 biopython 时遇到问题。有谁知道如何在EPD中导入biopython？我可以毫无问…
如何使用 Biopython 运行 clustalw
我使用的是 Windows 7。我已经安装了 python 2.7 和 Biopython 1.57。我创建了以下脚本： from Bio.Clustalw import MultipleAlignCL cl = MultipleAl…
如何使用for循环获得两个原子之间的距离？
我有一个 PDB 结构。该结构有13个残基。我必须使用 for 循环找到两个原子（仅 C、O、N、S）之间的距离。首先，我必须找到第一个和第二个残基之间的距…
将 GenBank 平面文件转换为 FASTA
我需要解析一个初步的 GenBank 平面文件。该序列尚未发布，因此我无法通过加入查找它并下载 FASTA 文件。我是生物信息学的新手，所以有人可以告诉我在…
安装biopython包时遇到问题
我使用的是 mac 10.6.7，以及安装了 gcc 4.2 的 xcode 4。 但是当我安装biopython时： python setup.py 安装 在命令上，它在 gcc 上给出错误： 10-54-…
将字符串列表写入文件
我有一个缩写列表 Letters = ['Ala', 'Asx', 'Cys', ... 'Glx'] 我想将其输出到一个文本文件，如下所示： #Letters Ala、Asx、Cys、..... Glx Noob 程…
ImportError：没有名为 writers.SeqRecord.fasta 的模块
# File Name RandonProteinSequences.py # standard library import os import random # biopython from Bio.Seq import Seq from Bio.Alphabet impor…
BioPython 字母汤
Biopython noob 这里，我正在尝试创建一个程序，该程序使用 Biopython 包 Alphabet 和字母表模块 IUPAC 将列出的类的字母写出到名为 AlphabetSoupOupu…
