将字符串列表写入文件
我有一个缩写列表 Letters = ['Ala', 'Asx', 'Cys', ... 'Glx'] 我想将其输出到一个文本文件，如下所示： #Letters Ala、Asx、Cys、..... Glx Noob 程…
ImportError：没有名为 writers.SeqRecord.fasta 的模块
# File Name RandonProteinSequences.py # standard library import os import random # biopython from Bio.Seq import Seq from Bio.Alphabet impor…
BioPython 字母汤
Biopython noob 这里，我正在尝试创建一个程序，该程序使用 Biopython 包 Alphabet 和字母表模块 IUPAC 将列出的类的字母写出到名为 AlphabetSoupOupu…
在 Python 的 ASCII 文件中查找/替换带注释的子字符串
我在正在进行的生物信息学项目中遇到了一些编码问题。基本上，我的任务是从数据库中提取基序序列并使用该信息来注释序列比对文件。比对文件是纯文本，…
BCBio 的 GFF 解析器出现问题
我正在尝试使用 BCBio GFF 解析器解析 GFF 文件，但出现以下错误。有人可以帮我解决这个问题吗？ 回溯（最近一次调用最后一次）： File "gff_parse.py…
是否有一个函数可以计算给定比对参数的比对序列的分数？
我尝试对已经对齐的序列进行评分。 假设 seq1 = 'PAVKDLGAEG-ASDKGT--SHVVY----------TI-QLASTFE' seq2 = 'PAVEDLGATG-ANDKGT--LYNIYARNTEGHPRSTV-QLG…
将嵌套字典/xml 转换为 sqlite 的平面文件
我已经在网上搜索过，似乎找不到合适的例子，所以我想我会问...... （顺便说一句，其中大部分对我来说都是新的 - 不是全部，只是大多数。） 问题：尝…
Biopython CodonTable 错误？
我正在编写一些代码，旨在将不明确的 DNA 代码翻译成可能的氨基酸，并且我在 Biopython 1.56 包中看到一些奇怪的翻译。它似乎正在将模糊的 DNA 代码翻…
Phylo BioPython 构建树
我尝试使用 BioPython、Phylo 模块构建一棵树。 到目前为止我所做的是这张图片： 每个名称都有一个四位数字，后跟 - 和一个数字：这个数字指的是序列…
当我从网络运行 CGI 脚本时，为什么 python 找不到某些模块？
我不知道这里可能出现什么问题： 我有一些来自 Biopython 的模块，当使用交互式提示或通过命令行执行 python 脚本时，我可以轻松导入这些模块。 问题…
BioPython：从 Blast 输出文件中提取序列 ID
我有一个 XML 格式的 BLAST 输出文件。它有 22 个查询序列，每个序列报告 50 个命中。我想提取所有 50x22 的点击。这是我当前拥有的代码，但它只从第…
- 共 1 页
- 1
