在 Perl 中查找字符串中匹配的两个字符的数量
Perl 中是否有一种方法（不是 BioPerl）来查找每两个连续字母的数量。 即，AA, AC, AG, AT, CC, CA, ... 的数量按如下顺序排列： $sequence = 'AACGTA…
如何在apche2服务器上运行本地blast程序
我正在 apche2 服务器中运行本地blast程序...但它向我显示错误。 --------------------------------- 警告 --------------------- MSG：找不到blastal…
如何确定给定值属于哪个范围？
我有两个数据集：“数据 1”和“数据 2”。您能否帮我找到“数据 1”中 posi 的每个值，“数据 2”中 posi 位于 Star_posi 和 end_posi 之间的范围。 …
查找SNP在gen列表中的位置
我有 SNP 数据和基因列表数据。当我与基因列表进行比较时，我正在寻找基因列表数据中 SNP cotain 的位置。例如： SNP 数据： Pos_start pos_end 14185…
将 GenBank 平面文件转换为 FASTA
我需要解析一个初步的 GenBank 平面文件。该序列尚未发布，因此我无法通过加入查找它并下载 FASTA 文件。我是生物信息学的新手，所以有人可以告诉我在…
将标签添加到bioperl DB::SAM/BAM
我有一个 bam 文件并使用 bioperl (Bio::DB::Sam) 来处理它。 现在我想问是否有可能在这个文件中添加标签到对齐中？ 我用来 my $iterator = $bam->fea…
Perl 中的 Bioperl 测试错误
这里是新手，我正在尝试在 perl 环境中使用 Bioperl 模块。我的配置是 Windows Vista/32 Active Perl 5.10.1 Bioperl 1.6.1 Padre 和 Per Studio 2010…
使用 perl 脚本编辑帮助以在数组中的特定位置启动和停止
寻找故障排除和编辑帮助。这是一项家庭作业。我的教授鼓励使用论坛。我还没有 Perl 函数或 Subs 的经验，所以请将回复限制在适当的水平，以便我能够理…
在 Mac 上从 CPAN 中删除 Perl 模块
据我所知，需要在 Mac 上使用 sudo 运行 CPAN sudo perl -MCPAN -e shell 才能安装新模块。理论上，可以通过从 Perl 文件夹中删除模块来删除该模块。 …
我如何解决这个与 BioPerl 相关的谜团？
我正在使用 Ubuntu 10.04 和 Perl 5.10.1。 BioPerl 软件包有一些不错的脚本，例如 bp_genbank2gff3.pl，它将文件从 genbank 格式转换为 GFF3 格式。 …
为什么 Eclipse 无法识别 $PERL5LIB？
我遵循 BioPerl 手册：我克隆了 bioperl-live 在 ~/src 下，然后将以下行添加到我的 ~/.profile （我使用的是 Ubuntu）： export PERL5LIB="$HOME/src…
Bioperl 是否有相当于 Seq 对象数组的 IO::ScalarArray ？
在 Perl 中，我们有 IO:: ScalarArray 用于将数组的元素视为文件的行。在 BioPerl 中，我们有 Bio::SeqIO，它可以生成一个文件句柄来读取和写入 Bio::…
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