将 MAF 文件转换为数据表时 data.table::fread 错误
我想将 50 个 MAF 文件与示例信息合并，以便我可以将其作为 data.table 读取并对其进行子集化。 library(maftools) # Load MAF files maf = system.fi…
从 Gene Symbol 获取 SwissProt ID，反之亦然
我是 Bioconductor 的新手，正在尝试找到合适的软件包来完成我想做的事情..即提供 SwissProt ID 并提供基因符号，反之亦然。 有很多包裹，我不知道我…
应用于biostrings包函数的BSgenome数据加载问题
我安装了 BSgenome 似乎可以工作，但无法加载库。以下代码来自 Biostrings 包， > require(BSgenome) > require(Biostrings) > library(BSgenome.Dmel…
在 R 中使用 GEOquery 和 SAM/Siggenes
由于需要，我最近开始学习 R，到目前为止，我认为一切都很好。但我仍处于早期阶段。然而，我在 R 中面临着这一重大而紧迫的挑战，我将非常感谢您的帮…
RPy2 和 Bioconductor：基因表达示例
我正在尝试弄清楚如何在 Bioconductor 中进行经典基因表达示例使用 Rpy2，我一开始就陷入困境。你如何加载数据？在 R 中，我们这样做： > library('AL…
从 affyBatch 对象中提取原始数据
我有一个包含基因表达数据的 affyBatch 对象。数据读取使用 dat <- ReadAffy() 没有选择。然后我提取了我感兴趣的 5600 个基因， dat <- RemoveProbes…
ESet 的子集 /除以 ESet
是否可以像这样对 ExpressionSet 进行子集化： SUB=ESet[,ESet@phenoData@data$x==c(0,1)] 是 0-9 的值，我只想要 x=0 或 x=1 时的条目。…
我需要一个使用 R 的良好 Limma 教程
Closed. This question is seeking recommendations for software libraries, tutorials, tools, books, or other off-site resources. It does not …
在 R 中，如何根据另一个对象的类设置 S4 类
我需要从 Bioconductor 的 ShortRead 库创建一个 ShortReadQ 类型的对象。 ShortReadQ 'signature(sread = "DNAStringSet", quality = "QualityScore"…
