在R中的x轴上显示小对数刻度

Question

我有一个正态分布图和一个直方图，x 轴以对数刻度显示 0、10^0、10^1 ...我想在主要刻度之间包含次要刻度。实际上，我可以使用 上一个问题。我对主要刻度使用了以下代码：

major.ticks <- axTicks(1)
labels <- sapply(major.ticks,function(i)
            as.expression(bquote(10^ .(i)))
          )
axis(1,at=major.ticks,labels=labels)

可以对其进行编辑以仅标记次要刻度而不对其进行标记吗？

Answer 1

Hmisc 包中有一个函数 minor.tick，但该函数对对数标度的处理效果很差。我使用以下函数来获取遵循对数刻度的小刻度。 ax 是您使用它的轴（与函数 axis 相同），n 是小刻度数（默认为 9） , t.ratio 是主要刻度和次要刻度之间的比率，并且使用 ... 您可以将额外的参数传递给 axis

edit ：评论中的好主意，所以我编辑了我的函数。有两个额外参数，mn 和 mx，分别表示对数刻度上的最小值和最大值 (mn=0 因此意味着最小值为 10^0 或 1！）

函数：

minor.ticks.axis <- function(ax,n,t.ratio=0.5,mn,mx,...){

  lims <- par("usr")
  if(ax %in%c(1,3)) lims <- lims[1:2] else lims[3:4]

  major.ticks <- pretty(lims,n=5)
  if(missing(mn)) mn <- min(major.ticks)
  if(missing(mx)) mx <- max(major.ticks)

  major.ticks <- major.ticks[major.ticks >= mn & major.ticks <= mx]

  labels <- sapply(major.ticks,function(i)
            as.expression(bquote(10^ .(i)))
          )
  axis(ax,at=major.ticks,labels=labels,...)

  n <- n+2
  minors <- log10(pretty(10^major.ticks[1:2],n))-major.ticks[1]
  minors <- minors[-c(1,n)]

  minor.ticks = c(outer(minors,major.ticks,`+`))
  minor.ticks <- minor.ticks[minor.ticks > mn & minor.ticks < mx]


  axis(ax,at=minor.ticks,tcl=par("tcl")*t.ratio,labels=FALSE)
}

这可以按如下方式应用：

x <- 10^(0:8)
y <- 1:9
plot(log10(x),y,xaxt="n",xlab="x",xlim=c(0,9))
minor.ticks.axis(1,9,mn=0,mx=8)

给出：

Answer 2

这是一个简单的函数：

log10.axis <- function(side, at, ...) {
    at.minor <- log10(outer(1:9, 10^(min(at):max(at))))
    lab <- sapply(at, function(i) as.expression(bquote(10^ .(i))))
    axis(side=side, at=at.minor, labels=NA, tcl=par("tcl")*0.5, ...)
    axis(side=side, at=at, labels=lab, ...)
}

这是一个例子：

x <- exp(rnorm(200, 5))
hist(log(x), 20, xaxt="n", xlim=c(0, 8))
log10.axis(1, at=seq(0, 8, 2))

给出：

Answer 3

尝试magicaxis 包中的magaxis。

Answer 4

在ggplot2中，我们可以使用annotation_logticks< /a> 以及 scales::trans_breaks 和 scales::trans_format。下面是从上面的链接中获取的示例。

    library(ggplot2)

    a <- ggplot(msleep, aes(bodywt, brainwt)) +
      geom_point(na.rm = TRUE) +
      scale_x_log10(
        breaks = scales::trans_breaks("log10", function(x) 10^x),
        labels = scales::trans_format("log10", scales::math_format(10^.x))
      ) +
      scale_y_log10(
        breaks = scales::trans_breaks("log10", function(x) 10^x),
        labels = scales::trans_format("log10", scales::math_format(10^.x))
      ) +
      theme_bw()

    a + annotation_logticks() # Default: log ticks on bottom and left

Answer 5

StratigrapheR 包中有一个 minorAxis 函数，可用于任何类型的次要刻度。它可以与 seq_log 函数一起使用来制作对数刻度：

library(StratigrapheR)

x <- exp(rnorm(200, 5))
hist(log10(x), 20, xaxt="n", xlim=c(0, 4), xlab = "x", main = "Logarithmic Histogram of x")

ticks <- seq_log(10^0,10^4, divide = T)

lab <- sapply(0:4, function(i) as.expression(bquote(10^ .(i))))

minorAxis(1, at.maj = log10(ticks[[1]]), at.min = log10(ticks[[2]]), labels = lab)

给出：

Answer 6

使用 "" 作为小刻度的标签。

Answer 7

出现一个小错误，

缺少 lims<-lims[3:4]

   minor.ticks.axis <- function(ax,n,t.ratio=0.5,mn,mx,...){

  lims <- par("usr")
  if(ax %in%c(1,3)) lims <- lims[1:2] else lims <- lims[3:4]

  major.ticks <- pretty(lims,n=5)
  if(missing(mn)) mn <- min(major.ticks)
  if(missing(mx)) mx <- max(major.ticks)

  major.ticks <- major.ticks[major.ticks >= mn & major.ticks <= mx]

  labels <- sapply(major.ticks,function(i)
            as.expression(bquote(10^ .(i)))
          )
  axis(ax,at=major.ticks,labels=labels,...)

  n <- n+2
  minors <- log10(pretty(10^major.ticks[1:2],n))-major.ticks[1]
  minors <- minors[-c(1,n)]

  minor.ticks = c(outer(minors,major.ticks,`+`))
  minor.ticks <- minor.ticks[minor.ticks > mn & minor.ticks < mx]


  axis(ax,at=minor.ticks,tcl=par("tcl")*t.ratio,labels=FALSE)
}