生物信息学简明教程 PDF 文档

Question

当前人类基因组研究已进入一个重要时期，2000 年将获得人类基因组的全部序列，这是基因组研究的转折点和关键时刻，意味着人类基因组的研究将全面进入信息提取和数据分析阶段，即生物信息学发挥重要作用的阶段。到 1999 年 12 月 15日发布的第 115 版为止，GenBank 中的 DNA 碱基数目已达 46 亿 5 千万，DNA 序列数目达到 535 万；其中 EST 序列超过 339 万条； UniGene 的数目已达到 7 万个。

已有 25 个模式生物的完整基因组被测序完成，另外的 70 个模式生物基因组正在测序当中；到 2000 年 1 月 28 日为止，人类基因组已有 16%的序列完成测定，另外 37.7%的序列已经初步完成；同时功能基因组和蛋白质组的大量数据已开始涌现。如何分析这些数据，从中获得生物结构、功能的相关信息是基因组研究取得成果的决定性步骤。

第一章 概论 .. 3
第二章 生物信息数据库与查询 ... 5
2.1 基因和基因组数据库... 5
1. Genbank .. 5
2. EMBL 核酸序列数据库. 7
3. DDBJ 数据库.. 7
4. GDB 7
2.2 蛋白质数据库... 8
1. PIR 和 PSD . 8
2. SWISS-PROT . 8
3. PROSITE 9
4. PDB. 9
5. SCOP... 9
6. COG 9
2.3 功能数据库. 10
1. KEGG ... 10
2. DIP 10
3. ASDB 10
4. TRRD 11
5. TRANSFAC.. 11
2.4 其它数据库资源. 11
1. DBCat ... 11
2. PubMed . 12
第三章 序列比对和数据库搜索 12
3.1 序列两两比对. 12
3.2 多序列比对. 17
第四章 核酸与蛋白质结构和功能的预测分析 . 18
4.1 针对核酸序列的预测方法. 18
1. 重复序列分析... 18
2. 数据库搜索... 19
3. 编码区统计特性分析... 19
4. 启动子分析... 19
5. 内含子/外显子剪接位点 . 20
6. 翻译起始位点... 20
7. 翻译终止信号... 20
8. 其它综合基因预测工具... 20
9. tRNA 基因识别 21
4.2 针对蛋白质的预测方法. 21
1. 从氨基酸组成辨识蛋白质... 21
2. 预测蛋白质的物理性质... 22
3. 蛋白质二级结构预测... 22
4. 其它特殊局部结构... 23
5. 蛋白质的三维结构... 24
第五章 分子进化 24
5.1 分子进化钟与中性理论. 24
5.2 进化树. 27
5.3 结构进化树. 30
1．刚体结构叠合比较. 30
2．多特征结构比较. 31
3．相关软件. 31
第六章 基因组序列信息分析 32
6.1 基因组序列分析工具. 32
1. Wisconsin 软件包（GCG） 32
2. ACEDB . 36
3．其它工具. 36
6.2 人类和鼠类公共物理图谱数据库的使用. 36
1．物理图谱的类型. 36
2.大型公用数据库中的基因组图谱 38
3．鼠类图谱来源. 46
6.3 全基因组比较. 48
6.4 SNP 的发现 48
第七章 功能基因组相关信息分析 48
7.1 大规模基因表达谱分析. 49
1．实验室信息管理系统. 49
2．基因表达公共数据库. 51
3．大规模基因表达谱数据分析方法. 53
7.2 基因组水平蛋白质功能综合预测. 55

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