如何在R中突出显示特定变量或个人的特定变量或个人

Question

我目前正在研究我执行PCA的大型数据集（用物种X样品计数数据）。我得到的是巨大的点云，我想为一个给定的物种上色以显示它位于云中的位置（物种是我在这里的变量）。以下是：

我使用factoextra的软件包，并将变量可视化FVIZ_PCA_VAR。有没有办法选择一种特定物种并以与其他物种不同的颜色显示？

感谢您的帮助

Answer 1

如果只是您要着色的一个点，也许是：

library(tidyverse)
library(factoextra)
library(FactoMineR)

data("iris")

iris$assigned_colors <- NA
# Change the color of the 'individual of interest'
iris[9,]$assigned_colors <- "red"

iris.pca <- PCA(iris[,-c(5,6)], graph = FALSE)

fviz_pca_ind(iris.pca,
             geom = "point",
             geom.ind = "point") +
  geom_point(aes(color = iris$assigned_colors)) +
  scale_color_identity()
#> Warning: Removed 149 rows containing missing values (geom_point).

^{在2022-07-08创建的a href =“ https://reprex.tidyverse.org” rel =“ nofollow noreferrer”> reprex软件包 （v2.0.1）}

您还可以使用

library(tidyverse)
library(factoextra)
library(FactoMineR)

data("iris")

iris$assigned_colors <- NA
iris[9,]$assigned_colors <- "red"

iris$labels <- NA
iris[9,]$labels <- "point of interest"

iris.pca <- PCA(iris[,-c(5,6, 7)], graph = FALSE)

fviz_pca_ind(iris.pca,
             geom = "point",
             geom.ind = "point") +
  geom_point(aes(color = iris$assigned_colors)) +
  geom_text(aes(label = iris$labels), nudge_y = -0.2) +
  scale_color_identity()
#> Warning: Removed 149 rows containing missing values (geom_point).
#> Warning: Removed 149 rows containing missing values (geom_text).

^由

Answer 2

我不会标记每个数据点。只需使用传说，并突出显示您的物种，例如。红色和所有其他物种绿色。

您没有提供示例数据，因此我为您提供了其他示例数据的解决方案。请参阅下面的代码。使用FactoExtra（和FactoMiner）为所有数值列制作PCA。然后在绘制PCA的两个维度时，添加一个因子变量作为物种的荧光笔。只需使用简单的iFelse列制作一个新的因子VAR即可将您的物种与其他物种分开。使用此因子列在FVIZ_PCA_IND图中突出显示。请参阅下面的代码：

library(FactoMineR)
library(ggplot2)
library(factoextra)

data("iris")
iris2 <- iris[1:4]
head(iris2)

# PCA analysis to get PCs
iris.pca <- PCA(iris2, scale.unit = TRUE, graph = FALSE)

# use Species from iris to change habillage
fviz_pca_ind(iris.pca, label="none", habillage = iris$Species)


library("FactoMineR")
res.pca <- PCA(df,  graph = FALSE)

iris$new_species <- as.factor(ifelse(iris$Species == "virginica", 
"my_species", "other_species"))

# Only highlight one species - rest black
fviz_pca_ind(iris.pca, label="none", habillage = 
iris$new_species)