如何从FastQ文件中提取唯一的读取ID？
我想在FastQ文件中提取所有唯一的读取ID，并将唯一的读取ID输出到文本文件中。 （我使用samtools完成了BAM文件的同一任务，但我不知道任何可以处理FastQ文件的工具。）
BAM文件： samtools view input.bam | cut -f1 |排序| uniq＆gt;＆gt; unique.reads.txt
for fastq：（需要帮助）
寻找一个单线命令或可以做到这一点的工具。
谢谢。
I want to extract all the unique read IDs in a fastq file and output the unique read IDs to a text file. (I have done the same task for bam files using the samtools but I don't know any tools that would handle fastq files.)
for BAM files: samtools view input.bam|cut -f1 | sort | uniq >> unique.reads.txt
for fastq: (need help)
Looking for a one-liner command or a tool that can do that.
Thank you.
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评论（1）
使用seqkit（无需排序）：
在这里，您可以：
seqkit seqkit fx2tab reads.fq中打印ID。 awk -v ofs ='\ t''{array [$ 1] = 1}结束{for（readid in array）print print readid}'＆gt; unique.reads.txt您也可以做到这一点：
seqkit fx2tab reads.fq |剪切-f 1 |排序| uniq＆gt; unique.reads.txt，但是您需要先对文件进行排序，
但没有seqkit：
grep“@” reads.fq |排序| uniq＆gt; unique.reads.txtgrep“@” reads.fq | awk -v ofs ='\ t''{array [$ 1] = 1}结束{for（readid in array）print print readid}'＆gt; unique.reads.txt，但我一般像seqkit一样，始终宣传它
using seqkit (no need to sort):
here you basically:
seqkit fx2tab reads.fq | awk -v OFS='\t' '{array[$1]=1} END {for (readID in array) print readID}' > unique.reads.txtalso you can do this:
seqkit fx2tab reads.fq | cut -f 1 | sort | uniq > unique.reads.txtbut then you'll need to sort the file first
or almost the same but without seqkit:
grep "@" reads.fq | sort | uniq > unique.reads.txtgrep "@" reads.fq | awk -v OFS='\t' '{array[$1]=1} END {for (readID in array) print readID}' > unique.reads.txtbut I in general like seqkit, always advertise it