$ f，\ t'\ n \ n \ n \ n''是什么意思是使用尴尬线性化Fasta时？

Question

我正在尝试使用尴尬线性化Fasta。我完全是新手。我有一个脚本，

awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}'  < $f | tr "\t" "\n" > ${f/.fasta/_lin.fasta}

我不了解＆lt; $ f | tr“ \ t”“ \ n”＆gt; $ {f/.fasta/_lin.fasta}。什么是$ f，whats tr，t，n。我到底应该在哪里提供输入文件？有人可以详细说明吗？

Answer 1

让我们逐步浏览该代码。首先，我会添加一些空白使其更加清晰：

awk '
  /^>/ {
    printf("%s%s\t", (N>0?"\n":""), $0);
    N++;
    next;
  }
  {
    printf("%s",$0);
  }
  END {
    printf("\n");
  }
' < $f \
  | tr "\t" "\n" \
  > ${f/.fasta/_lin.fasta}

好的。首先，$ f是您的输入文件。代码的作者期望它包含.fasta，大概是myfile.fasta。在此特定情况下，shell脚本中的＆lt;运算符是多余的（除非您在文件名中具有等值的符号，因为awk可以将其解释为变量分配），只是告诉awk消耗该文件的内容。

然后，Awk进来并匹配以＆gt;开头的行。在这些行上，它将打印一个新线（如果N＆gt; 0），否则什么也没有，其次是线的内容。然后，它会增加N并跳过该行的下一个命令。其他线条被看到。阅读了$ f的所有行后，打印了最终的新线。

此awk代码不是很清晰。它可以像这样重写：

awk '
  /^>/ && N++ {
    printf "\n";
  }
  {
    print;
  }
  END {
    printf "\n";
  }
'

这里唯一棘手的作品是n最初是零的，因此，当您第一次说n ++时，它会在增加之前返回值（零） = false），因此该条件不会触发。当您第二次说出来时，它会在下一个增量（一个= true）之前返回值，因此该条件触发。任何不是空字符串或零的东西都以true评估。

在一行，更高尔夫球上，可以是awk'/^＆gt;/＆amp;＆amp; n ++ {printf“ \ n”} 1; end {printf“ \ n”}'}'（<代码> 1; 触发默认操作，即打印行）。

awk之后，输出将传递到tr将所有选项卡（\ t）转换为newlines（\ n） ）。然后，使用＆gt;运算符将输出输送到shell替换$ {f/.fasta/_lin.fasta}的文件中，该文件替换了第一个的实例.fasta in $ f带有_lin.fasta，所以我们的示例输入文件myfile.fasta被转换为输出文件myfile_lin.fasta。

Answer 2

我应该在哪里提供输入文件？

您可能应该在使用它之前获取和理解工具的用户手册，除非您将较早的潜在损害宣布为可接受的。

tr "\t" "\n"

这是带有2个参数的tr命令，大多数Linux命令都配有手册，您可以像如此

man tr

流行的一个也具有在线版本一样访问，例如 tr manpage 从其中\ t和\ n可以找到

\n
    new line
\t
    horizontal tab

Answer 3

我猜OP正在尝试做类似的事情，将awk和tr命令组合在一起：

 1  test
 2  123
 3  >456
 4  mnq
 5  >yesthis
 6  nothis
 7  789

  {m，g} awk'{ 
       printf（“％。*s％s％。*s”，
             （！__＆lt; +（___ += _ =！__＆lt; nf））*_，
              rs，$+__，_*（_！= ___），rs）
} 结尾 { 
       打印RS}'fs ='^＆gt;' ORS = 
 

 1  test123>456mnq
 2  >yesthis
 3  nothis789