尴尬选择具有科学符号的值

Question

尊敬的生物信息学家，

我对价值观的尴尬和科学符号有问题。

我想根据$ 5的最低价值选择尴尬来选择行，以便

Chrpa1_10100    2434    PF00063 des 3.9E-21 IPR001609   
Chrpa1_10100    2434    PF03547 des 4.5E-7  IPR004776   
Chrpa1_10100    2434    PF07857 des 3.3E-7  IPR012435   
Chrpa1_10100    2434    PF13516 des 0.085   IPR001611   

在这种情况下只保留一个ID $ 1 ::，我想要：

Chrpa1_10100 2434 PF00063 des 3.9E-21 IPR001609

如果我这样做：

cat file |sort -k1,1|uniq| awk -F'\t' '$5 > max[$1] { max[$1]=$5; row[$1]=$0 } END { for (i in row) print row[i] }'

但是我想要这个：

Chrpa1_10100 2434    PF13516 des 0.085   IPR001611

谢谢您，请提前欢呼，

请

Answer 1

我的命令行给我这一点：CHRPA1_10100 2434 PF13516 DES 0.085
IPR001611，但我想要此CHRPA1_10100 2434 PF00063 DES 3.9E-21
IPR001609

以下数字

3.9E-21 4.5E-7 3.3E-7 0.085

3.9e-21最小，0.085是最大的，此代码

awk -F'\t' '$5 > max[$1] { max[$1]=$5; row[$1]=$0 } END { for (i in row) print row[i] }'

选择最大数字，因此它确实找到了使用0.085的行。 。如果您想要3.9E-21您需要实现查找最小价值，但请记住，尽管未知平均值零对于查找正数的最大数字是可以的，但这不是缩影，因此，我建议按照改善

awk -F'\t' '!($1 in min)||($5 < min[$1]){ min[$1]=$5; row[$1]=$0 } END { for (i in row) print row[i] }'

说明：更改max to min和＆gt; to ＆lt;和更改条件，因此如果没有密钥$ 1在最小数组中或的值$ 5小于min下的值 $ $ 1。

，当file.txt内容

Chrpa1_10100 2434 PF00063 des 3.9E-21 IPR001609
Chrpa1_10100 2434 PF03547 des 4.5E-7 IPR004776
Chrpa1_10100 2434 PF07857 des 3.3E-7 IPR012435
Chrpa1_10100 2434 PF13516 des 0.085 IPR001611

然后

awk '!($1 in min)||($5 < min[$1]){ min[$1]=$5; row[$1]=$0 } END { for (i in row) print row[i] }' file.txt

提供输出

Chrpa1_10100 2434 PF00063 des 3.9E-21 IPR001609

（在GAWK 4.2.1中测试）