如何将.txt文件中的每一行用作snakemake的新输入

Question

我在其中有一个“ filenames.txt”文件：

a.txt
b.txt
c.txt
d.txt

我想将这些行用作snakemake中的输入。有人知道我该怎么做吗？

Answer 1

您可以在蛇文件中使用Python。这是您可以获取文件名列表的方式：

with open('filenames.txt') as fh:
    filenames = [line.strip() for line in fh]

然后，我不确定您打算如何使用这些文件名。
如果您希望工作流创建这些文件，则应将其制成Input top all 规则的部分：

rule all:
    input: filenames

您当然应该有一个可以创建这样的规则文件：

rule create_file:
    output: "{letter}.txt"
    shell:
        """
        touch {output[0]}
        """