如何记录从snakemake中脚本到达的错误消息

Question

我正在尝试使用自定义的Python脚本构建一条Snakemake管道。 我的一些脚本陷入了错误，导致管道关闭。 但是，尽管在Shell输出中，我几乎看不到导致关闭的Python错误消息的末尾，但此错误不会在任何地方记录。它没有在自动创建的snakemake.log中记录（仅说明哪个脚本在不给出错误消息的情况下失败），并添加一个“ log：”，然后将文件夹带到失败的规则中，只能创建一个空的日志。

有没有办法访问错误消息，因此我可以解决基本问题？

编辑： 我当前的Snakemake规则看起来像这样：

rule do_X:
    input: "{Wildcard}_a"
    output: "{wildcard}_b"
    log: out = "{Wildcard}_stdout.log"
         err = "{Wildcardd}_stderr.err"
    shell: python script x.py {input}{output}

如果脚本失败，我会恢复空的日志，

Answer 1

link”由KeyboardCat的评论提供似乎效果很好。

演示从您的代码和建议的解决方案进行了调整：

将其保存为script_x.py：

#script_x.py
print("test output in stdout made my script")
#import sys # WITH THIS COMMENTED OUT, YOU'LL GET TRACEBACK IN `test_stderr.err`
sys.stderr.write("This was made from std.err")
with open("test_b", "w") as out_file:
    out_file.write("result\n")

然后您的snakefile is>是：

with open("test_a", "w") as out_file:
    out_file.write("#trigger file")


rule all:
    input: "test_b"

rule do_X:
    input: "{wildcard}_a"
    output: "{wildcard}_b"
    log: out = "{wildcard}_stdout.log",
         err = "{wildcard}_stderr.err"
    shell: 'python script_x.py {input}{output} 2> {log.err} 1> {log.out}'

execute snakemake，因此它使用snakefile 。它会引起问题，因为script_x.py有错误并且失败。

在test_stderr.err中，您会从script_x.py错误的中看到追溯，因为sys未导入 strong>在编写脚本时：

Traceback (most recent call last):
  File "script_x.py", line 3, in <module>
    sys.stderr.write("This was made from std.err")
NameError: name 'sys' is not defined

如果您删除文件test_a，然后从import incort ofimport中删除＃ script_x.py（行＃3），它应该立即运行，并在文本中导致中的std.err在文件test_stderr中显示。 .err。

test_stdout.log将始终以在脚本中制作的测试输出，因为它在脚本中包含错误的行之前创建。

---

您说您在由KeyboardCat的评论提供的链接;但是，您实际尝试了什么？始终最好包括您在评论中尝试的变化或在OP中添加更新部分。