如何在GGPLOT中创建多彩背景？

Question

我有一个包含多个组和EXP的数据集。状况。 （此处表示为group＆lt; - c（“ g1”，“ g2”）和con＆lt; - c（“ a1”，“ a2”，“ a2”，“ b1”，“ b2”，“ b2” ））我制作了一个3x3图矩阵，下面是其中一个图的一部分。图中的A1只是A1的导数骗局，不需要与A1的单独背景。

我想要的是给它们不同的颜色背景和框架，因此它们对读者更加友好。 （例如，以下输出但填充整个镀层区域[颜色填充的背景区分条件A，B，而彩色边框区分条件1，2]））如何在R中存档？

-----更新----
正如您所评论的那样，这是保留原始数据框架结构的演示数据。

(sep = "    ")# I use csv in real data, 
# here is just for better presentation
group    animal_nr    region    con    gene1    gene2    gene3
g1    101    x    A1    10    15    100
g1    102    x    A1    12    15    110
g1    103    x    A1    9    16    90
g1    104    x    A1    11    14    105
g1    201    x    a1    10    15    100
g1    202    x    a1    12    16    110
g1    203    x    a1    9    16    90
g1    204    x    a1    11    14    105
g1    105    x    A2    -8    5    50
g1    106    x    A2    -9    5.5    52
g1    107    x    A2    -8    4    53
g1    108    x    A2    0    6    52.8
g1    205    x    a2    -8    5    50
g1    206    x    a2    -9    5.5    52
g1    207    x    a2    -8    4    53
g1    208    x    a2    0    6    52.8
g1    109    x    B1    2    15    29
g1    110    x    B1    3    15.5    35
g1    111    x    B1    1    16    33
g1    112    x    B1    1.1    14    30
g1    209    x    b1    2    15    29
g1    210    x    b1    3    15.5    35
g1    211    x    b1    1    16    33
g1    212    x    b1    1.1    14    30
g1    113    x    B2    -10    2    10
g1    114    x    B2    -8    3    11
g1    115    x    B2    -9    2    11.1
g1    116    x    B2    -11    4    12
g2    301    x    A1    10    15    100
g2    302    x    A1    12    15    110
g2    303    x    A1    9    16    90
g2    304    x    A1    11    14    105
g2    401    x    a1    10    15    100
g2    402    x    a1    12    16    110
g2    403    x    a1    9    16    90
g2    404    x    a1    11    14    105
g2    305    x    A2    -8    5    50
g2    306    x    A2    -9    5.5    52
g2    307    x    A2    -8    4    53
g2    308    x    A2    0    6    52.8
g2    405    x    a2    -8    5    50
g2    406    x    a2    -9    5.5    52
g2    407    x    a2    -8    4    53
g2    408    x    a2    0    6    52.8

真实情节的布局

grid(r = 3, n = 3)
gene/region    x    y    z
gene1
gene2
gene3

Answer 1

通常，您可以使用geom_Rect添加一些背景矩形。但是，这需要一些数据争吵才能获取Xmin和xmax值。基本上，这涉及设置数据框并将您的类别转换为数字位置。同样，在此阶段，我们还添加了一些可以在fill和color上映射的列，以实现您所需的结果。请注意，我将RECT大小稍微降低到width_Rect = .98以防止大纲重叠。

library(dplyr)
library(ggplot2)

# Prep data for column and errorbars
df_sum <- df |> 
  group_by(group, con) |> 
  summarise(across(gene3, .fns = list(mean = mean, sd = sd)))

# Set up dataframe for background rectangles
width_rect <- .98
rects <- data.frame(
  con = factor(unique(df$con))
)
rects <- rects |> 
  mutate(con_num = as.numeric(con), 
         con_group = toupper(con)) |> 
  group_by(con_group) |> 
  summarise(xmin = min(con_num) - width_rect / 2, 
            xmax = max(con_num) + width_rect / 2) |> 
  mutate(fill = substr(con_group, 1, 1), 
         color = substr(con_group, 2, 2))

pd <- position_dodge(width = .9, preserve = "single")

ggplot(df_sum, aes(con, gene3_mean, fill = group)) +
  scale_x_discrete() +
  geom_rect(aes(xmin = xmin, xmax = xmax, fill = fill, color = color, ymin = -Inf, ymax = Inf), 
            data = rects, inherit.aes = FALSE, size = 1, alpha = .3) +
  geom_col(position = pd) +
  geom_errorbar(aes(ymin = gene3_mean - 1.96 * gene3_sd, 
                    ymax = gene3_mean + 1.96 * gene3_sd), 
                width = .1, position = pd) +
  scale_color_manual(values = c("red", "blue"))

编辑而不是使用substr您当然可以使用ifelse或...将类别分配给填充和颜色：

rects <- rects |> 
  ...
  mutate(fill = ifelse(con_group %in% c("A1", "A2"), "A", "B"), 
         color = ifelse(con_group %in% c("A1", "B1"), "1", "2"))

Answer 2

在这里，您有一个带有虚拟数据的示例，并使用geom_rec您可以选择要用某种颜色填充的背景的那一部分，更改xmin和xmax < /代码>。

library(tidyverse)

# create dummy data
data <- data.frame(
  name=letters[1:5],
  value=sample(seq(4,15),5),
  sd=c(1,0.2,3,2,4)
)

# Plot
ggplot(data) +
  geom_bar( aes(x=name, y=value), stat="identity", fill="skyblue", alpha=0.7) +
  geom_rect(data=NULL,aes(xmin=0.25,xmax=1.25,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="lightgreen", alpha=0.1) +
  geom_rect(data=NULL,aes(xmin=1.25,xmax=2.25,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="red", alpha=0.1) +
  geom_rect(data=NULL,aes(xmin=2.25,xmax=3.25,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="lightblue", alpha=0.1) +
  geom_rect(data=NULL,aes(xmin=3.25,xmax=4.25,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="yellow", alpha=0.1) +
  geom_errorbar(aes(x=name, ymin=value-sd, ymax=value+sd), 
                width=0.4, colour="orange", alpha=0.9, size=1.3)

输出：