ggplotly：无法在ggplot2中添加pca得分图中的帧

Question

我想使用ggplot2进行PCA分数图，然后使用plotly将图将图转换为交互式图。

我要做的是添加一个框架（使用stat_ellipse，我知道它有效）。

我的问题是，当我尝试将示例名称用作tooltip在ggplotly中时，帧将消失。我不知道该如何解决。

以下是我的代码，

library(ggplot2)
library(plotly)
library(dplyr)

## Demo data
dat <-  iris[1:4]
Group <- iris$Species

## Calculate PCA
df_pca <- prcomp(dat, center = T, scale. = FALSE)
df_pcs <- data.frame(df_pca$x, Group = Group)
percentage <-round(df_pca$sdev^2 / sum(df_pca$sdev^2) * 100, 2)
percentage <-paste(colnames(df_pcs),"(", paste(as.character(percentage), "%", ")", sep = ""))

## Visualization
Sample_Name <- rownames(df_pcs) 
p <- ggplot(df_pcs, aes(x = PC1, y = PC2, color = Group, label = Sample_Name)) +
  xlab(percentage[1]) +
  ylab(percentage[2]) +
  geom_point(size = 3)

ggplotly(p, tooltip = "label")

直到这里起作用！您可以看到示例名称可以在ggplotly绘图中正确显示。

接下来我尝试添加一个框架，

## add frame 
hull_group <- df_pcs %>%
  dplyr::mutate(Sample_Name = Sample_Name) %>%
  dplyr::group_by(Group) %>%
  dplyr::slice(chull(PC1, PC2))
p2 <- p +
  ggplot2::geom_polygon(data = hull_group, aes(fill = Group), alpha = 0.1)

您可以看到静态图仍然有效！正确添加框架。

但是，当我尝试将其转换为Plotly Interactive图时。框架消失了。

ggplotly(p2, tooltip = "label")

非常感谢您的帮助。

Answer 1

如果您将data和映射从ggplot（）呼叫 call call geom_point（Geom_point（）呼叫：

p2 <- ggplot() +
  geom_point(data = df_pcs, mapping = aes(x = PC1, y = PC2, color = Group, label = Sample_Name), size = 3) +
  ggplot2::geom_polygon(data = hull_group, aes(x = PC1, y = PC2, fill = Group, group = Group), alpha = 0.2)

ggplotly(p2, tooltip = "label")

您可能需要更改geom_point和geom_polygon的顺序，以确保点在多边形的顶部（这也会影响工具提示位置）。