HTTP错误405用于以前用于查询Uniprot ID映射的代码

Question

在我的一个脚本中，我使用以下代码块来查询使用另一种ID的蛋白质ID：

import os
import sys
import urllib.request

uniprot = 'A0A0M3KKX3'
url = 'https://www.uniprot.org/uploadlists/'
params = {
'from': 'ACC',
'to': 'PDB_ID',
'format': 'tab',
'query': uniprot,
'species': 'human'
     }

dat = urllib.parse.urlencode(params)
dat = dat.encode('utf-8')
req = urllib.request.Request(url, dat)
with urllib.request.urlopen(req) as f:
    response = f.read()

在过去的几个月中，涉及此方法的代码可靠地起作用，使我能够在顶部构建我的算法这些功能。但是，截至昨晚，运行相同的代码，我收到以下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "\\wsl.localhost\Ubuntu\home\defrondevillec\FASTAtest.py", line 21, in <module>
    with urllib.request.urlopen(req) as f:
  File "C:\Users\chris\AppData\Local\Programs\Python\Python310\lib\urllib\request.py", line 216, in urlopen
    return opener.open(url, data, timeout)
  File "C:\Users\chris\AppData\Local\Programs\Python\Python310\lib\urllib\request.py", line 525, in open
    response = meth(req, response)
  File "C:\Users\chris\AppData\Local\Programs\Python\Python310\lib\urllib\request.py", line 634, in http_response
    response = self.parent.error(
  File "C:\Users\chris\AppData\Local\Programs\Python\Python310\lib\urllib\request.py", line 563, in error
    return self._call_chain(*args)
  File "C:\Users\chris\AppData\Local\Programs\Python\Python310\lib\urllib\request.py", line 496, in _call_chain
    result = func(*args)
  File "C:\Users\chris\AppData\Local\Programs\Python\Python310\lib\urllib\request.py", line 643, in http_error_default
    raise HTTPError(req.full_url, code, msg, hdrs, fp)
urllib.error.HTTPError: HTTP Error 405: Not Allowed

我该如何解决此问题？

Answer 1

我只是遇到了同样的问题 - Uniprot已推出了一个新的网站和一系列服务。目前，旧的可以在 lagacy.uniprot.org

短期修复

使用 https://legacy.uniprot.org/uploadlists/ 作为代码中的URL。这是在我的代码中使用类似查询的代码（uniprotid - ＆gt; Gene名称）

长期修复

可能最好地迁移到新的ID映射服务，该服务已记录在此处：

https://wwwww.uniprot.org/help/help/help/id_mapping ID映射请求，该请求返回工作ID，然后对结果进行轮询，文档底部有一些示例python代码： https://www.uniprot.org/help/id_mapping#pypython-example （下面重现）

import requests
import time
import json

POLLING_INTERVAL = 3
API_URL = "https://rest.uniprot.org"


def submit_id_mapping(fromDB, toDB, ids):
    r = requests.post(
        f"{API_URL}/idmapping/run", data={"from": fromDB, "to": toDB, "ids": ids},
    )
    r.raise_for_status()
    return r.json()["jobId"]


def get_id_mapping_results(job_id):
    while True:
        r = requests.get(f"{API_URL}/idmapping/status/{job_id}")
        r.raise_for_status()
        job = r.json()
        if "jobStatus" in job:
            if job["jobStatus"] == "RUNNING":
                print(f"Retrying in {POLLING_INTERVAL}s")
                time.sleep(POLLING_INTERVAL)
            else:
                raise Exception(job["jobStatus"])
        else:
            return job


job_id = submit_id_mapping(
    fromDB="UniProtKB_AC-ID", toDB="ChEMBL", ids=["P05067", "P12345"]
)
results = get_id_mapping_results(job_id)
print(json.dumps(results, indent=2))

Answer 2

现在，您可以使用迈克尔·米尔顿（Michael Milton）（@多聚元素）要在Python中进行ID映射，请参见公告。该软件包还可以与Uniprot在2022 REST API中的新产品配合使用。

示例在原始帖子中使用Unipredsed：

from unipressed import IdMappingClient
request = IdMappingClient.submit(
    source="UniProtKB_AC-ID", dest="PDB", ids={"A0A0M3KKX3"}
)
list(request.each_result())

结果：

[{'from': 'A0A0M3KKX3', 'to': '4U7N'},
 {'from': 'A0A0M3KKX3', 'to': '4U7O'},
 {'from': 'A0A0M3KKX3', 'to': '4ZKI'}]

请参阅使用它进行三个人类基因的ID映射到Uniprot标识符/登录代码在这里。该帖子还具有链接，以获取有关未经许可的软件包的更多信息，以及用于锻炼 source 和目标（ dest ）详细信息的建议。

查看更多示例使用Unipredsed访问Uniprot的新REST API 和在底部来自“从 - 到”结果的熊猫数据框。

更新：我做了一个存储库，允许在浏览器中运行此和其他未经许可的示例，而无需在计算机上安装任何内容。首先，Go 在这里，然后单击任何'启动binder '徽章。