Snakemake：通配符不会在规则的脚本行中扩展

Question

我正在运行管道，并试图通过在配置文件（config.yaml）中声明路径来对其进行优化。 config.yaml文件包含找到可以在管道内运行的脚本的路径，但是当我扩展路径的通配符时，管道不会运行脚本。脚本本身运行良好。 要解释我的问题：

rule with_script:
input: someinput
output: someoutput
script: expand("{script_path}/scriptfile", script_path = config[scriptpath])

输入，输出或规则都不包含脚本的路径通配符，因此这是我第一次宣布它。包含路径的config.yaml行看起来像：

scriptpath: /path/to/the/script

有没有一种方法可以维护通配符和配置文件路径（以使其他人更容易在需要时进行更改）并使脚本工作？就像这个snakemake甚至没有输入脚本文件。还是可以在规则之外宣布全球通配符？

感谢您的帮助！

PS：很抱歉，如果这个问题已经得到回答，但是我找不到任何帮助我的问题。

Answer 1

您不能在脚本部分中定义expand（）的函数。 Snakemake期望您的脚本有一条途径。
像 documentation>

脚本路径始终相对于包含指令的蛇依（与输入和输出文件路径相对于工作目录而言）。建议将所有脚本放入子文件夹“脚本”

如果您需要定义脚本的不同路径，则可以随时在规则之外的Python中进行操作。别忘了，在构建DAG之前，在规则之外执行了所有Python代码。因此，您可以定义所需的所有变量，并在规则中使用它们。

SCRIPTSPATH = config["scriptpath"]

rule with_script:
    input: someinput
    output: someoutput
    script: "{SCRIPTSPATH}/scriptfile"

注意：
请勿混合 wildcards 和“变量”。 在{script_path}的扩展函数中，

expand("{script_path}/scriptfile", script_path = config[scriptpath])

不是通配符，而只是占位符的占位符。