当用coxph（生存包）中的分层变量上的模型诊断时出错

Question

我有一个数据集，其中有3个小组收到了对不同媒体的接触。一组暴露于3个媒体中的1个。因此，我的coxph模型是分层的：

# My treatment variable is loaded as a factor.
fullModel <- coxph(Surv(time, status) ~ strata(treatment), data = d) 

当我尝试执行模型诊断时，我会遇到此错误：

test.assump <- cox.zph(fullModel)
Error in cox.zph(fullModel) : 
there are no score residuals for a Null model

但是，如果删除Strata（）参数，我可以在模型上运行诊断：

          chisq df    p
treatment  1.29  2 0.52
GLOBAL     1.29  2 0.52

我已经做了此示例来重现我的错误：

data <- list(time=c(4,3,1,1,2,2,3,2,4,1,3,4), 
             status=c(1,1,1,0,1,1,0,1,1,0,0,1),  
             treatment=c(0,0,0,0,1,1,1,1,2,2,2,2))

cox.test <- coxph(Surv(time, status) ~ strata(treatment), data = data)

test.coxas <- cox.zph(cox.test)
ggcoxzph(test.coxas)

ggcoxdiagnostics(test.coxas, type = "schoenfeld",
                 linear.predictions = F)

我应该在没有层次论点的情况下进行诊断吗？然后在之后使用地层参数，以便我可以在GGSURVPLOT中绘制不同的暴露？ 我在哪里出错？

预先感谢您帮助我解决这一麻烦。

Answer 1

考虑到我对您的应用程序的理解，并且专注于您提出的实际问题，我正在括起来是否使用Strata（）是最佳的建模选择。

Schoenfeld残留物用于诊断违反比例危害的COX模型的协变量。您的模型规范没有协变量。 ergo，您没有侵犯诊断和可能正确的pH违规行为，这就是为什么cox.zph正在抛出“ null Model”错误，就像在“此模型”中仅估算（Cox Model的AN）版本拦截术语”。

换句话说：Schoenfeld残留物是协变量特异性的，因此，如果Cox模型中没有协变量，则没有可以计算的Schoenfeld。 cox.zph的计算涉及Schoenfeld残差，因此错误。

相反，您有一个strata（）术语。分层允许不同的组具有不同的基线危险率（从启发式上讲，Cox的拦截术语版本）。您可能会分层的原因有很多，但是其中之一是正确可能违反pH，这是一个使您首先运行cox.zph的问题。如果您继续对处理进行分层，则没有与pH相关的模型诊断供您运行。

（作为一方面：对于GGCOXDIAMGNOSTICS在您的MWE中，您需要传递coxph对象，而不是cox.zph对象。