我的软件包中的功能可以创建R Markdown文档在某些工作目录中失败 - 我可以解决这个问题吗？

Question

我已经在包装中写了一个函数，该功能将获取用户提供的一些数据，并用这些数据图制作一个很小的Word文档。但是，虽然当工作目录是本地驱动器时，该功能效果很好，但是当驱动器是其他任何东西时，它会失败。错误是：

从第6-9行（skeleton.rmd）中退出png中的错误（...，res = dpi， 单位=“ in”）：另外无法启动png（）设备：警告 消息：1：在dir.create（dirname（name），递归= true）中：不能 创建dir'\ myemployer.com \ data \ stites'，原因“拒绝权限” 2：在png中（...，res = dpi，单位=“ in”）：无法打开文件 '\ myEmployer.com \ data \ stites \ myworkingDirectory/figue-docx/myplot-1.png' 对于写作3：在png中（...，res = dpi，单位=“ in”）：打开设备 失败

我确实有权写信给我当前的工作目录。实际上，当我在相同的包装中呼叫类似的函数，该功能可以制作表，而不是图表时，它可以正常工作。

我 think 发生了什么是rmarkDown或knitr需要临时保存图表的png文件，以便将其放置在Word文件中，并且它将其保存在没有许可的某个地方所以。 我可以通过用rmarkdown :: render指定某些内容来解决此行为？

我不知道当我引用多个文件和包装的文件结构时，如何确切地制作一个可重复的示例，但这是我最佳的尝试，需要哪些信息。这是函数的一个示例：

 myFun <- function(mydata, filename){
    G <- ggplot2::ggplot(mydata, ggplot2::aes(x = A, y = B)) + 
       ggplot2::geom_point()
         
    OutPath <- dirname(filename)
    FileName <- basename(filename)
        
    rmarkdown::render(system.file("rmarkdown/templates/myplot/skeleton/skeleton.Rmd", 
       package="mypackage"), output_dir = OutPath,
       output_file = FileName, quiet = TRUE)
 }
 

从我的软件包的顶级到达skeleton.rmd的文件结构： mypackage/inst/rmarkDown/spemplates/myplot/skeleton/skeleton.rmd

实际r标记文档是这样的：

---
title: "My Plot"
output: word_document
---

```{r}
G
```

错误消息“从第6-9行退出”是指输出g的块。

要调用此功能，您将使用：

 myFun(mydata = data.frame(A = 1:10, B = 1:10),
       filename = "my file.docx")
 

如果它正在工作，则将在当前工作目录中获取一个称为“我的file.docx”的Word文件，其中包含图形。

是否有一些方法可以解决RmarkDown临时保存此PNG文件的需求？我可以将此临时文件的目录设置为 的其他内容吗？

Answer 1

可能的解决方法是将临时目录中的降价渲染，并将生成的文件复制到其目标，请参阅：：：

myFun <- function(mydata, filename){
  G <- ggplot2::ggplot(mydata, ggplot2::aes(x = A, y = B)) + 
    ggplot2::geom_point()
  
  tmpdir <- tempdir()
  on.exit(unlink(tmpdir))
  
  OutPath <- dirname(filename)
  FileName <- basename(filename)
  
  rmarkdown::render(system.file("rmarkdown/templates/myplot/skeleton/skeleton.Rmd", 
                                package="mypackage"), output_dir = tmpdir,
                    output_file = FileName, quiet = TRUE)
  file.copy(file.path(tmpdir,FileName,OutPath, overwrite = T))
  
}

Answer 2

从评论开始，这可能会有所帮助。您可以在rmd文件中制作图：

---
title: "Untitled"
date: "6/27/2022"
output: html_document
params:
  input_df: NULL
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
mydata_rmarkdown <- params$input_df
```

## plot

```{r pressure, echo = FALSE}
G <- ggplot2::ggplot(mydata_rmarkdown, ggplot2::aes(x = A, y = B)) + 
     ggplot2::geom_point()
G
```

并将您的功能更改为以下内容：

myFun <- function(mydata, filename){
  OutPath <- dirname(filename)
  FileName <- basename(filename)
  
  rmarkdown::render(system.file("rmarkdown/templates/myplot/skeleton/skeleton.Rmd", 
                                package = "mypackage"), output_dir = OutPath,
                    params = list(input_df = mydata)
                    output_file = FileName, quiet = TRUE)
}

调用函数：

df1 <- data.frame(A = 1:10, B = 1:10)
df2 <- data.frame(A = 10:20, B = 10:20)

myFun(mydata = df1, filename = "my file.docx")
myFun(mydata = df2, filename = "my file.docx")

它在当前形式中非常有限，因为您需要df1和<代码> DF2 具有相同的变量名称等，但可能会帮助您。