NextFlow：将FREF FREFEPAIRS的输入转换为元组（MAP，LIST_PAIR_1，LIST_PAIR_2）

Question

在我的NextFlow工作流中，我需要处理类似于下面示例的文件。

a.vcf.gz
a.vcf.gz.tbi
b.vcf.gz
b.vcf.gz.tbi
c.vcf.gz
c.vcf.gz.tbi

特别是，我需要创建一个通道，该频道将使用此结构输出它们：

[
    ["id": "test"], 
    ["a.vcf.gz", "b.vcf.gz", "c.vcf.gz"], 
    ["a.vcf.gz.tbi", "b.vcf.gz.tbi", "c.vcf.gz.tbi"]
]

这意味着一个单个地图的元组，一个元组*。VCF.GZ文件和一个元组** .vcf.gz.tbi文件。

我的问题是，从我对文档的阅读来看，如何从依次以三组组为单位发射项目的频道来创建它并不明显。

为简单起见，我使用channel.fromfilepairs从对收集文件：

ch_input = Channel
    .fromFilePairs("*{.vcf.gz,.vcf.gz.tbi}")

这就是我被卡住的地方。我获得的最接近是从filepairs 中取得和使用grouptuple：

 ch_input = Channel
    .fromPath("*.vcf.gz*")
    .map {
       file ->
       def fmeta = ["id": "test"]
       value = file.extension == "gz" ? "vcf": "tbi"
       [value, file]
     }.groupTuple()
    
    println ch_input.view()   

哪个给出：

[tbi, [/Users/einar/Coding/a.vcf.gz.tbi, /Users/einar/Coding/c.vcf.gz.tbi, /Users/einar/Coding/einar/b.vcf.gz.tbi]]
[vcf, [/Users/einar/Coding/b.vcf.gz, /Users/einar/Coding/a.vcf.gz, /Users/einar/Coding/c.vcf.gz]]

它仍然远离我想要的东西和更脆弱，因为它依赖于文件扩展。

channel.multimap靠近我想要的东西，但是它会生成多个频道，而我需要一个频道。

如何正确地完成？

编辑：

这是另一个尝试，它得到了我想要的东西，但是它看起来对我有点脆弱：

ch_input = Channel
        .fromPath("*.vcf*")
        .map{
            file -> 
            [file.extension, file]
        }.groupTuple()
        .map {
         it ->
          def fmeta = ["id": "test"]
          [fmeta, it[1].flatten()]
         }.groupTuple()
         .map{
           it -> 
           [it[0], it[1][0], it[1][1]]
         }

    
    println ch_input.view()

Answer 1

要获得想要的东西，您需要 collect collect 操作员 value channge

Channel
    .fromFilePairs( '/path/to/files/*.vcf.gz{,.tbi}' )
    .collect { sample, indexed_vcf -> [ indexed_vcf ] }
    .map { 
        def fmeta = [ "id": "test" ]

        [ fmeta, it*.first(), it*.last() ] 
    } 
    .view()

给您一个 “ noreflow noreferrer”> 详细信息，但通常您不需要将索引文件与实际VCF文件分开。如果要直接将此通道用作过程输入，我的首选是更改输入声明，以便我可以使用类似的内容：

Channel
    .fromPath( '/path/to/files/*.vcf.gz{,.tbi}' )
    .collect()
    .map { 
        def fmeta = ["id": "test"]

        [ fmeta, it ]
    } 
    .view()