Knitr的缓存可以与指针对象一起使用吗？

Question

我正在使用knitr来制作使用Terra软件包绘制地图的文档。这是我的最小.rmd文件：

```{r init, echo=FALSE}
library(knitr)
opts_chunk$set(cache=TRUE)
```

```{r maps}
library(terra)
r = rast(matrix(1:12,3,4))
plot(r)
```

```{r test2}
print(r)
plot(r)
```

第一次运行（通过rmarkDown :: Render（...）），这起作用，创建test_cache文件夹。第二次运行（没有更改）也可以正常运行。如果我对块2进行了较小的更改（例如添加注释）并运行我得到：

Quitting from lines 14-17 (cache.Rmd) 
Error in .External(list(name = "CppMethod__invoke_notvoid", address = <pointer: (nil)>,  : 
  NULL value passed as symbol address

我也从另一个RMD文件中获得了此内容，可能相关：

Quitting from lines 110-115 (work.Rmd) 
Error in x@ptr$readStart() : external pointer is not valid

清除缓存或使用Cache = false运行然后起作用，但是缓存的意义是什么。

我认为这是因为r是某种参考类，它通过通过rcpp分配的某些内存而存在，而Knitr仅在缓存参考，因此当它尝试读取缓存时版本，它获得了对内存的引用，该内存没有创建的对象，该对象与其中的参考有关。所以它失败了。

fwiw a terra栅格对象看起来像这样：

> str(r)
Formal class 'SpatRaster' [package "terra"] with 1 slot
  ..@ ptr:Reference class 'Rcpp_SpatRaster' [package "terra"] with 20 fields
  .. ..$ depth    : num 0
  .. ..$ extent   :Reference class 'Rcpp_SpatExtent' [package "terra"] with 2 fields

是否

> r@ptr
C++ object <0x55ce6fdf2bd0> of class 'SpatRaster' <0x55ce5a6750b0>

有一种方法可以使Knitr Cache与这些对象一起使用？我知道我只能将它们排除在缓存中，但是我的90％的文档正在使用此类对象，这就是我要使用缓存来加快速度的原因。但是，每当我遇到此错误时，我都必须停止，清除缓存，重新开始，我不知道该时间是否值得加速我使用缓存。

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r 4.1.1与

> packageVersion("knitr")
[1] ‘1.34’
> packageVersion("rmarkdown")
[1] ‘2.11’
 

Answer 1

例如，Terra做了一些允许序列化的工作：

library(terra)
f <- system.file("ex/elev.tif", package="terra")
r <- rast(f)

saveRDS(r, "test.rds")
readRDS("test.rds")
[1] "This is a PackedSpatRaster object. Use 'terra::rast()' to unpack it"

readRDS("test.rds") |> rast()
#class       : SpatRaster 
#dimensions  : 90, 95, 1  (nrow, ncol, nlyr)
#resolution  : 0.008333333, 0.008333333  (x, y)
#extent      : 5.741667, 6.533333, 49.44167, 50.19167  (xmin, xmax, ymin, ymax)
#coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 
#source      : memory 
#name        : elevation 
#min value   :       141 
#max value   :       547 

但是，似乎具有“保存”到RDATA文件的Knitr缓存；在这种情况下，将原始对象存储，在重新加载时，该对象是无效的。

我认为 May 可以通过一些巧妙的使用 hook function < /a>;但这将是如此涉及，以至于它将击败缓存的目的。