子集Plink二进制文件（床，BIM＆amp; fam）
大家好，我正在研究基因型数据，我有GWAS的摘要统计信息，我有床，BIM和FAM文件。因为个人的数量很多，所以我想从我的二进制文件中以3000个随机的数量进行采样。换句话说，我想将二进制文件子集。您知道如何通过Plink，R或Python做到这一点吗？
Hi everyone I am working on genotype data, I have bed, bim and fam files with the summary statistics of GWAS. Because the number of individuals are a lot, so I want to sample from my binary files in numbers of 3000 randomly . In other words, I want to subset the binary files. Do you know how can I do that by plink, R or python?
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评论（1）
您可以使用Plink实现这一目标。首先，创建要子集的个人列表，并将其命名为
sysys.txt。接下来，运行以下命令，为sysys.txtplink -bfile toy -emepy nyses.txt -make-bed-out toy_subsetplink plink> plink plink plink plink /code>希望这会有所帮助。
you can achieve that using PLINK. First, create a list of individuals that you want to subset and name it say
individuals.txt. Next, run the following command to create a separate binary file for individuals in theindividuals.txtplink --bfile toy --keep individuals.txt --make-bed --out toy_subsetHope this helps.