我怎么知道我是否使用MPI(MPICH)运行制造商?
我正在运行制造商来注释基因组。但是我以前没有使用MPI运行制造商,因此速度很低。过去22天的300MB基因组,仍在运行。 我阅读了制造商的手册,它说了MPI的支持。因此,我根据它安装了MPI。 现在的问题是,我如何知道它是否与MPI一起运行?
以下是我的slrum script
#!/bin/bash
#SBATCH -J MPI-test
#SBATCH -p xhacnormala
#SBATCH -N 4
#SBATCH -n 64
#SBATCH --mem 0
#SBATCH -o MPI.out
#SBATCH -e MPI.err
source /public1/home/casdao/kdylvfenghua/kdy_sy2021/maker_env
module load mpi/mpich/3.3.2/gcc-485
mpiexec -n 64 maker
I am running maker to annotation a genome.But i didn't run maker with MPI before, so the speed is very low.A genome of 300Mb last 22 days, and still running.
And i re read the manual of maker, it said support with MPI.So I installed MPI according to it.
Now the question is , how I know if it running with MPI?
the following is my slrum-script
#!/bin/bash
#SBATCH -J MPI-test
#SBATCH -p xhacnormala
#SBATCH -N 4
#SBATCH -n 64
#SBATCH --mem 0
#SBATCH -o MPI.out
#SBATCH -e MPI.err
source /public1/home/casdao/kdylvfenghua/kdy_sy2021/maker_env
module load mpi/mpich/3.3.2/gcc-485
mpiexec -n 64 maker
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