如何从动脉分割获取斑块并以图形形式存储？

Question

我有动脉的图像分割（X射线冠状动脉造影），并希望沿着分支提取斑块并以图形形式存储，以便保留冠状动脉树结构。

动脉分割图像和提取的中心线的一个示例：

​

例如，我希望结果看起来像这样：

我可以在其中获取节点的XY坐标，并且还具有连接边缘，该连接边缘将存储动脉的分支结构。然后，我将能够在每个节点处进行小2D图像贴片（节点将是中心点）。

Answer 1

算法：

- Scan centerline image for location of nodes
   - Record x,y location of each dot, with a unique index number
- Scan centerlineimage for links between nodes
   - Record x,y locations of end points of each line, with a unique index number
- Loop over recorded lines
   - Record index number of closest dot to each line end point.
- Add dots connected by a line to adjacency matrix
- Store adjacency matrix in your favorite graph theory library.

棘手的部分是扫描。有两种方法：

1. 使用GUI并通过鼠标光标在其上单击来定位节点和链接。这对于代码很简单，但是如果您有多个图像可以扫描。

2. 图像处理。这对于代码非常复杂，但是可以自动化多个图像扫描。

我在C ++中编码了选项1。这是屏幕截图

用法：

扫描节点

• 选择菜单项X射线。用户可以浏览文件文件夹，然后单击OM图像文件。图像将出现在左
• 移动鼠标光标上。右键单击节点位置。单击弹出菜单中的“节点”。图像上将出现一个黄色点，右图和节点索引将显示在右侧。

扫描链接

• 将光标移到节点上。左点击。单击弹出菜单中的“链接端点”，
• 将光标移到第二个节点上。左点击。单击弹出菜单中的“链接端点”。节点之间的图像上将出现蓝线。链接的节点索引将

在此应用程序的代码上显示在 https://github.com/jamesbremner/artery/artery

fyi这是节点和链接存储类的公共类界面

/// store of node locations and the links between them
class cArteries
{
public:
    /// add node location on x-ray image
    void addNode(const std::pair<int, int> &p);

    /// add link end location on x-ray image
    void addLinkEnd(const std::pair<int, int> &p);

    /// draw nodes and links on x-ray image
    void draw(wex::shapes &S);

    /// text describing each node
    std::vector<std::string> textNodes();

    /// text describing nodes connected by each link
    std::vector<std::string> textLinks();

    /// get adjacency matrix
    std::vector<std::vector<bool>> adjacencyMatrix();

private:
...
};

Answer 2

filfinder 似乎可以处理此工作，特别是在其骨架和修剪部分。 （请参阅下面的链接中，它们具有细丝/分割的图形节点表示形式。）软件包通过将其首先转换为图形形式来分析细丝，您可以返回。此过程与某些输入参数自动化 - 如果您遵循其教程，您将能够调整自己更喜欢节点的严格性。

一旦获取了filfinder产生的节点列表，就可以使用节点的坐标来获取大小偏好的边界框来创建图像补丁。

这是一个没有代码的答案，但我希望这是实现您的请求的粗略指南。