为什么for循环最终以DNA [2]最终出现。

Question

我一直在研究Java编程，以在DNA链中找到该基因。我的问题是，为什么FO循环最终在DNA [2]处最终，并且输出卡在第三个字符串上，并且不再返回结果。以下是代码：

import edu.duke.*;
import java.io.*;


public class Part1 {
        public String findSimpleGene (String dna) {
            String result = "";
            int startIndex = dna.indexOf("atg");
            int stopIndex = dna.indexOf("taa", startIndex+3);
            result = dna.substring(startIndex, stopIndex+3);
            if (startIndex != -1 
            && stopIndex != -1 
            && (stopIndex - startIndex) % 3 ==0) {
                return result;
            }
            else {
                return "Not Exist";
            }
            
        }
        public void testSimpleGene () {
            String dna[] = new String[5];
            dna[0] = "cccatggggtaaaaatgataataggagagagagagagagttt";
            dna[1] = "ccatggggtctaaataataa";
            dna[2] = "atggggcgtaaagaataa";
            dna[3] = "acggggtttgaagaatgaaccaat";
            dna[4] = "acggggtttgaagaatgaaccaataacga";
            for (int i=0; i < 5; i++) {
            String result = findSimpleGene(dna[i]);
            System.out.println("DNA strand:" + dna[i]);
            System.out.println("Gene:" + result);
        }
        }
}

谢谢！

Answer 1

对于DNA [3] =“ acgggggggtttttttgaagaatgaaccaat”
startIndex是14，potindex为-1 ，因为没有“ taa”
之后，您发现 substring（14,2）在这种情况下将抛出异常。
方法投掷'java.lang.stringIndexoutofBoundSexception'例外

Answer 2

对于

dna[3] = "acggggtttgaagaatgaaccaat";

您的代码，请扔StringIndexoutofBoundSexception exception＆amp;因此，您认为它不再前进到下一个循环的迭代：

int startIndex = dna.indexOf("atg"); // gives 14
int stopIndex = dna.indexOf("taa", startIndex + 3); // gives -1
result = dna.substring(startIndex, stopIndex + 3); //throws `StringIndexOutOfBoundsException` because startIndex is larger than stopIndex.

为了避免这种情况，您可以在调用substring之前检查startIndex始终小于oferindex：

if(startIndex < stopIndex && startIndex!=-1 &&  stopIndex < dna.length()){
 result = dna.substring(startIndex, stopIndex + 3);
 ..}

Answer 3

问题在于您编写findsimplegene方法的方式，特别是当您尝试检索stopindex时。实际上，在此上下文中3）您可能超出给定字符串的长度。另外，计算stopIndex startIndex可能是-1毫无意义。

您可以在计算之前添加支票，例如三元运算符，该操作员控制startIndex不是-1，并且会计3仍然使其在给定的String中。附带说明，仅仅为了减少代码，您就可以将结果设置为“不存在”，并且仅在可以进行子字符串（较少IF-ELSE分支和更好的可读性）时才将其更新。

public String findSimpleGene(String dna) {
    String result = "Not Exist";
    int startIndex = dna.indexOf("atg");
    int stopIndex = startIndex >= 0 && startIndex + 3 < dna.length() ? dna.indexOf("taa", startIndex + 3) : -1;

    if (startIndex != -1 && stopIndex != -1 && (stopIndex - startIndex) % 3 == 0) {
        result = dna.substring(startIndex, stopIndex + 3);
    }

    return result;
}

输出

DNA strand:cccatggggtaaaaatgataataggagagagagagagagttt
Gene:atggggtaa
DNA strand:ccatggggtctaaataataa
Gene:Not Exist
DNA strand:atggggcgtaaagaataa
Gene:Not Exist
DNA strand:acggggtttgaagaatgaaccaat
Gene:Not Exist
DNA strand:acggggtttgaagaatgaaccaataacga
Gene:atgaaccaataa

也是测试上述代码的链接：

https://www.jdoodle.com/ iembed/v0/s7f