SratoolKit:运行预摘要时错误:在虚拟文件系统模块中解析树时找不到路径

发布于 2025-02-05 06:27:12 字数 277 浏览 1 评论 0 原文

我一直在使用unix shell使用sratoolkit/2.8.2-1下载原始读取。 SRA文件来自NCBI数据库,例如“ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term = srx1157907”。当我使用prefetch命令(例如Prefetch SRR2172947)时,始终会在虚拟文件系统模块中解决树时找到“找不到路径的错误” - 'SRR2172948'找不到。”我可以没有问题下载其他SRA文件,例如SRR12626663,但是上述链接有一些问题。

是否有可能指导我解决这个问题?

I have been using a Unix shell to download raw reads using sratoolkit/2.8.2-1. The SRA files are from the NCBI database e.g. for "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRX1157907". When I use the prefetch command (e.g. prefetch SRR2172947) consistently get the error of "path not found while resolving tree within virtual file system module - 'SRR2172948' cannot be found." I can download other SRA files like SRR12626663 without a problem, but the mentioned link has some problem.

Would it be possible to please guide me on how to solve this problem?

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评论(1

歌枕肩 2025-02-12 06:27:12

Human genomics data in NCBI's SRA is often under controlled access through the dbGaP system. One must request access to these files and follow special protocols to download such data. For example, researchers must demonstrate valid research needs to gain access approval and agree to follow protocols to ensure the data is securely stored.

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