snakemake：指定由glob_wildcard获得的文件

Question

如何指定glob_wildcards获得的文件？

假设我有sample1.txt，sample2.txt，sample3.txt和sample4.txt在同一目录中。

以下代码只是一个示例：

FILES = glob_wildcards("data/{sample}.txt")
SAMPLES = FILES.sample

rule all:
    input:
        expand("{sample}txt", sample=SAMPLES),
        "concat.txt"

rule concat:
    input:
        SAMPLES[0],
        SAMPLES[1]
    output:
        "concat.txt"
    shell:
        "cat {input[0]} {input[1]} > {output}"

当我要concat sample1.txt和sample2.txt时，如rule concat中所示，如何指定这些文件？编写样本[0]和样本[1]是正确的吗？

Answer 1

您几乎是正确的，除非请记住，glob_wildcards将仅返回通配符值，因此，当在规则中引用文件时，您需要将这些通配符值提供为特定的文件路径。

为了保持一致性，您可以继续使用expliving（）：

file_pattern = 'data/{sample}.txt'
SAMPLES, = glob_wildcards(file_pattern)

rule all:
    input:
        expand(file_pattern, sample=SAMPLES),
        "concat.txt"

rule concat:
    input:
        expand(file_pattern, sample=SAMPLES[:2]),
    output:
        "concat.txt"
    shell:
        "cat {input} > {output}"