计算每个样品中的最高分类单元

Question

我需要计算我的Thyloseq对象的每个样本中的前6个分类单元。看来这应该是一个简单的请求...但是我无法找到这样做的方法！

谢谢

Answer 1

也许类似：

library(phyloseq)
library(tidyverse)
library(speedyseq)
as_tibble(p) |> 
  rename(Sample=.sample, ASV=.otu, Abundance=.abundance) |> 
  select(Sample, Abundance, ASV, Phylum, Class, Order, Family, Genus) |> 
  group_by(Sample) |> 
  slice_max(Abundance, n=6) |> 
  ungroup()

p是您的Thyloseq对象，带有OTU表和分类表。

对于SpeedySeq，请参见 https://github.com/mikemc/mikemc/speedyseq