“未定义的参考”尝试使用Ifort编译具有外部依赖关系的Fortran程序时的错误

Question

我正在使用以下命令来编译我的fortran程序，这是我的hdf5 h5fc命令的最后一行，我的ubuntu 20.04.4 lts x86_64 Machine（添加newlines的可透明度）：

<path_to_my_intel_oneapi_folder>/compiler/2022.0.2/linux/bin/intel64/ifort -shlib 
-I<path_to_my_hdf5_1.12.2>/include 
-L<path_to_my_hdf5_1.12.2>/lib 
-lhdf5_fortran 
-lhdf5 
-I<path_to_my_mpich_4.0.2>/include 
-L<path_to_my_mpich_4.0.2>/lib 
-lmpifort -Wl,-rpath -Wl,<path_to_my_mpich_4.0.2>/lib 
-lmpi <path_to_my_intel_oneapi_folder>/compiler/2022.0.2/linux/bin/intel64/ifort

我用cmake而不是autotools ，它具有由此产生的安装略有差异，但仍应在我当前的机器上工作。 成功编译后链接会导致大量未定义的参考错误，例如：

ld: /path_to_my_file/my_file.o: in function `hdf5_utilities_mp_hdf5_openfile_':
my_file.f90:(.text+0xcbf8): undefined reference to `h5global_mp_h5p_file_access_f_'
ld: my_file.f90:(.text+0xcc0a): undefined reference to `h5p_mp_h5pcreate_f_'
ld: my_file.f90:(.text+0xcc2a): undefined reference to `h5global_mp_h5f_acc_trunc_f_'
ld: my_file.f90:(.text+0xcc45): undefined reference to `h5f_mp_h5fcreate_f_'
ld: my_file.f90:(.text+0xcc63): undefined reference to `h5global_mp_h5f_acc_rdwr_f_'
ld: my_file.f90:(.text+0xcc79): undefined reference to `h5f_mp_h5fopen_f_'
ld: my_file.f90:(.text+0xcc93): undefined reference to `h5global_mp_h5f_acc_rdonly_f_'
ld: my_file.f90:(.text+0xcca9): undefined reference to `h5f_mp_h5fopen_f_'
ld: my_file.f90:(.text+0xccc4): undefined reference to `h5p_mp_h5pclose_f_'

PATH ＆lt; path_to_my_my_hdf5_1.1.1.12.2＆gt;/lib，在<<代码> -l <​​/code>上述的标志命令，包含文件libhdf5_fortran.so.so.200.1.1和libhdf5_fortran.a包含无法链接的HDF函数的引用，例如h5global_mp_h5p_file_access_f _。 我假设这些错误与以下命令有关，该命令位于my_file.f90的其他文件中，使用：

module HDF5_utilities
  use HDF5
...
integer(HID_T) function HDF5_openFile(fileName,mode,parallel)
  ...
  integer(HID_T) :: plist_id
  integer :: hdferr
  call H5Pcreate_f(H5P_FILE_ACCESS_F, plist_id, hdferr)
  ...

此问题已经开始发生，因为我创建了一个新的ifort HDF5 < /code>在我的计算机上设置，并且我的源文件在此之前没有任何问题，因此我认为这与当前在我的系统上安装了HDF5的方式有关。我用cmake和使用的mpich作为依赖项安装了HDF5，并且正在使用 spack软件包管理器安装这些软件包。 hdf5从tar.gz文件从此源并使用 intel oneapi软件包。