来自Bioconductor的软件包具有Cran的依赖性，需要R的RES版本，而R的版本不兼容

Question

我们遇到的一种特殊情况是，当我们尝试从BioConductor安装特定的R软件包版本时。该软件包的依赖性可能不会固定，这意味着将从Cran中安装最新和最大的依赖性。当这个新的最新和最大的依赖关系是指与安装原始软件包的生物导体版本不兼容的R版本时，就会出现问题。此时，安装过程会触发并崩溃。

例如， deseq2 ver。 1.30.1 来自3.12生物通用器的重酶，进而取决于r 4.0。 deseq2取决于 locfit 和最新版本取决于R＆GT， ; = 4.1，使安装过程失败。

➜ docker run --rm -it r-base:4.0.4 bash --login
root@e2475c214bce:/# R

> install.packages("renv")
...
> renv::install("bioc::[email protected]")
...
Error: failed to retrieve package '[email protected]'
In addition: Warning message:
In state$requirements[[record$Package]] :
  wrong arguments for subsetting an environment
Traceback (most recent calls last):
8: renv::install("bioc::[email protected]")
7: retrieve(names(remotes))
6: handler(package, renv_retrieve_impl(package))
5: renv_retrieve_impl(package)
4: renv_retrieve_bioconductor(record)
3: renv_retrieve_repos(record)
2: stopf("failed to retrieve package '%s'", renv_record_format_remote(record))
1: stop(sprintf(fmt, ...), call. = call.)

让我们忽略以下事实：renv的错误消息无用，然后手动安装locfit。

> renv::install("locfit")
Error: package 'locfit' is not available
Error during wrapup: 
Error: no more error handlers available (recursive errors?); invoking 'abort' restart

自然而然地，这会失败，因为最新版本的locfit取决于R＆gt; = 4.1。

这里的解决方案是：

• DESEQ2中的PIN依赖关系，但是对于较旧版本而言，这不太可能发生
• locfit不取决于R＆gt; = 4.1之前的兼容版本，然后再安装DESEQ2

。解决这个问题的方法？