计算氨基酸序列的平均
我有此代码用于使用Biopython计算FastA格式的序列。我得到了lenghts。
NP_418305.1
349
np_418306.1
469
np_418308.1
236
但是，现在我想计算整个序列的平均值，就像我可以添加到研究中的相互关系的事实一样。获得一些建议会很棒。
from Bio import SeqIO
record_dict = seqio.to_dict（seqio.parse（“ aminoacids.txt”，“ fasta”））
in Record_dict.items（）：
print（键） [0]，“ \ n”，len（key [1] .seq））
I have this code for calculating the length of sequences in fasta format using BioPython. I got the lenghts.
NP_418305.1
349
NP_418306.1
469
NP_418308.1
236
However, now I'd like to calcule the mean of the whole sequences, just like an intereting fact that I can add to my research. Will be great to get some advices.
from Bio import SeqIO
record_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse("aminoacids.txt", "fasta"))
for key in record_dict.items():
print(key[0],"\n ",len(key[1].seq))
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评论（1）
我能够通过将每个序列的每个长度求和除以序列的总长度来获得总长度的平均值。
I was able to get the mean of total length by summing each length of every sequence and dividing by the total of sequences.