重命名匹配txt文件中字符串的文件

Question

我试图根据匹配项将多个文件重命名为.txt文件 然后，我的文件是

GCF_000698265.1_ASM69826v1_genomic.gff.gz
GCF_000785125.1_ASM78512v1_genomic.gff.gz
GCF_000934565.1_ASM93456v1_genomic.gff.gz
GCF_000963495.1_ASM96349v1_genomic.gff.gz

我的标签分离的txt文件，看起来像这样：

GCF_000698265.1_ASM69826v1  Pseudomonas_str1
GCF_000785125.1_ASM78512v1  Pseudomonas_str2
GCF_000934565.1_ASM93456v1  Pseudomonas_str3
GCF_000963495.1_ASM96349v1  Pseudomonas_str4

因此，对于匹配文件第一列的文件名，我想将文件重命名为第二列。 我试图理解如何将MV和尴尬吹进，但我迷路了。 我希望我所需的输出看起来像这样：

Pseudomonas_str1_genomic.gff.gz
Pseudomonas_str2_genomic.gff.gz
Pseudomonas_str3_genomic.gff.gz
Pseudomonas_str4_genomic.gff.gz

有人可以帮忙吗？ 我希望我很清楚，非常感谢！

Answer 1

因此，我创建了一个合成的测试集，它有些可观，并且有意地制作了 1/7th < / strong>匹配，并且那里
在任何地方都没有重复，因为合成文件名是
所有这些都基于唯一的素数列表，并且文件也按改为顺序进行。

• 254923 19113991 19113991 test_rename_output_2b.txt
• 254923 15545069 15545069 test_need_need_need_to_to_to_to_to_to_ename_ename_eneame_2.txt

 1784459  53025088 53025088 test_ref_lookup_2.txt
 2294305  87684148 87684148 total 

# gawk profile, created Thu May 12 03:57:36 2022

    # Rule(s)

     1  FNR == NR { # 1
1784459     do {
1784459         __[$!_]
1784459         getline
        } while (FNR == NR)
    }

     1  FNR != NR { # 1
254923      do {
254923          if ($!_ in __) { 
                    printf("gmv -vn \47%s\47 "\
                                    "\47%s\47 ;\n",$!!NF,$NF)
            }
        } while (getline)
    }

此解决方案的优点是，它已经预先格式化用于使用MV命令（示例输出）直接重命名：

gmv -vn 'file522111333101.txt' 'newname_799042B2ED_.txt' ;
gmv -vn 'file2011113799793759.txt' 'newname_72518EBA3BC5F_.txt' ;
gmv -vn 'file476743673269.txt' 'newname_6F002325B5_.txt' ;
gmv -vn 'file7979798079897989.txt' 'newname_1C599585EE8185_.txt' ;
gmv -vn 'file211031042203.txt' 'newname_31226E289B_.txt' ;
gmv -vn 'file172888842428207.txt' 'newname_9D3DD209DF2F_.txt' ;

为了安全地播放它，我已经预先付费 not oftrite aka no-clobber aka -n 在所有重命名命令中标记，可以将其直接发送到轻量的轻度上，例如 dash 以执行而无需执行进一步的文件名操纵。

我猜是可以接受的性能 -

• mawk2 1.218 secs 完成所有步骤（包括将最终输出文件写入磁盘）。

Answer 2

使用 sed 和 bash ，假设txt文件

sed 's/^/mv /' rename.txt | bash

使用awk命名为'rename.txt'：

awk '{system("mv " $1 " " $2)}' rename.txt

此处的密钥是将“ MV”插入到每行的开头并执行。

最后一个解决方案不使用任何外部工具，只需bash：

while read old new; do mv "$old" "$new"; done < rename.txt

更新

基于阿尔贝托的更新问题

，以下是更改：使用：

sed sed 's/^/mv /;s/$/_genomic.gff.gz/' rename.txt | bash

注意：; s/$/_ genomic.gff.gf.gz/表达式>说：搜索行的末尾，并将“ _genomic.gff.gz”附加到其中。只有在每行中没有尾随空间的情况下，这才能起作用。

使用尴尬：

awk '{system("mv " $1 " " $2 "_genomic.gff.gz")}' rename.txt

使用bash：

while read old new; do mv "$old" "${new}_genomic.gff.gz"; done < rename.txt

Answer 3

试图了解如何操作MV和Awk

您可能会使用尴尬来准备一系列命令，然后将其用作 bash 的标准输入。请注意，您的案件

file1.txt   cat.txt  
file2.txt   dog.txt
file3.txt   fish.txt
file4.txt   mouse.txt

是特定的，因为文件名中没有空格，如果空格被命名，则您可以简单地使用 mv 进行预置行，例如，如果上述文件被命名为 renaming.txt < /code>然后您可能会这样做

awk '{print "mv " $0}' renaming.txt | bash

，但是如果任何名称中都有空间，则会失败。如果允许空格，我建议使用 python （如果您使用Linux Machine，可能已安装）以下方式，创建文件 renaMer.py with

import os
with open("renaming.txt","r") as f:
    for line in f:
        src, dst = line.rstrip().split("\t")
        os.rename(src, dst)

where with code> renaming.txt 是带有2个剪切列的文件名，保留当前名称和所需的名称，然后使用它

python renamer.py

的工作方式如下： open s renaming.txt 用于读取（ r ），每行都会在tab字符处进行抛弃式尾随tagring whitespace（newlines）和拆分行，第一部分转到 src ，第二部分，第二部分到 dst 然后在。 /代码> 功能。

您可以选择其他语言，最好是具有用于管理文件的功能，因为这将使为此任务开发代码。