在NMD的图中添加95％的置信区间

Question

我正在尝试用椭圆形成95％置信区间的物种社区组成数据的NMD图。我使用METAMDS生成了NMDS图的数据，并成功地使用了R中的基本图函数生成的条例（请参见下面的代码）。但是，我正在努力使用GGPLOT2成功地绘制数据，这是我在NMDS绘图上绘制95％CIS的唯一方法。我希望有人能够帮助我更正我的代码，以便椭圆形显示95％的顺式，或者可以用其他方法指出正确的方向？

我绘制我的NMD绘图的基本代码：

orditorp(dung.families.mds, display = "sites", labels = F, pch = c(16, 8, 17, 18) [as.numeric(group.variables$Heating)], col = c("green", "blue", "orange", "black") [as.numeric(group.variables$Dungfauna)], cex = 1.3)
ordiellipse(dung.families.mds, groups = group.variables$Dungfauna, draw = "polygon", lty = 1, col = "grey90")
legend("topleft", "stress = 0.1329627", bty = "n", cex = 1)

我的任命：

Answer 1

我意识到这个问题是古老的，但是我发现这篇文章对于在我的工作过程中绘制信心椭圆有用，也许会对您有所帮助。 在ggplot2中创建的绘图

编辑：下面我在上面的链接上复制了Didzis Elferts答案的第二部分中的代码。
其中“ sol”是metamds对象：

首先，用组列制作NMDS数据框。

  nmds = data.frame（mds1 = sol $ points [，1]，mds2 =＆gt; sol $ points [，2]，group = mymeta $ amt）
 

接下来，将函数的结果保存ordiellipse（）作为某些对象。

  ord＆lt; -ordiellipse（sol，mymeta $ amt，display =“ sites”，＆gt; kint =“ se”，conf = 0.95，label = t）
 

数据框架df_ell包含显示椭圆的值。它是通过函数vegancovellipse再次计算的，该隐藏在素食软件包中。此功能应用于每个级别的NMD（组），现在使用ord> ord对象中存储的参数 - cov，中心和每个级别的比例。

df_ell <- data.frame()
for(g in levels(NMDS$group)){
  df_ell <- rbind(df_ell, cbind(as.data.frame(with(NMDS[NMDS$group==g,],
                  veganCovEllipse(ord[[g]]$cov,ord[[g]]$center,ord[[g]]$scale)))
                                ,group=g))
}

绘图的完成方式与上一个示例相同。至于使用ordiellipse（）的Elipses对象的坐标来计算，此解决方案将与您为此功能提供的不同参数配合使用。

ggplot(data = NMDS, aes(MDS1, MDS2)) + geom_point(aes(color = group)) +
  geom_path(data=df_ell, aes(x=NMDS1, y=NMDS2,colour=group), size=1, linetype=2)