pheatmap r-注释传说未显示所有值

Question

绘制注释时，并非所有簇显示（8中只有4个）。我如何解决它的名字并查看所有颜色？ 谢谢！

数据是一个相关图（COR_MARTIX），我提取了由pheatmap创建的簇，并从中提取注释。

代码：

chosen_k = 4 
res = pheatmap(mat = cor_martix, breaks=seq(-1, 1, length.out=101))

myannotation = as.data.frame(cutree(res$tree_row,k = chosen_k)) #extract k clusters
names(myannotation)[1] = "cluster" 
palette1 <- rainbow(chosen_k,alpha = 0) #make colors
ann_colors = list (cluster = palette1) #make annotation colors
pheatmap(mat = cor_martix, breaks=seq(-1, 1, length.out=101),annotation_col =  myannotation, annotation_colors =ann_colors)

Answer 1

这是解决您问题的解决方案。

library(pheatmap)
chosen_k = 8 

# Generate correlation matrix
X <- matrix(rnorm(100*28), nrow=100)
colnames(X) <- paste0("x",1:ncol(X))  
cor_matrix <- cor(X)

首先，当生成myannotation数据框架时，cluster列必须定义为一个因素。

myannotation <- as.data.frame(cutree(res$tree_row, k = chosen_k))
names(myannotation)[1] = "cluster" 
myannotation$cluster <- factor(myannotation$cluster, levels=1:chosen_k, 
                               labels=paste0("Clu", 1:chosen_k))

然后，当定义带有注释颜色的ann_colors列表时，每种颜色必须与相应的群集名称关联。

palette1 <- rainbow(chosen_k, alpha=.5) #make colors
names(palette1) <- levels(myannotation$cluster)   
ann_colors <- list(cluster = palette1)

现在，注释传说显示了正确数量的颜色。

pheatmap(mat = cor_matrix, breaks=seq(-1, 1, length.out=101), 
         annotation_col=myannotation, annotation_colors=ann_colors)