bash命令搜索模式（序列），并打印所有内容（右侧和左侧）旁边的所有内容
我正在尝试根据人口（FASTA格式）和保守区域的Poolseq文件重建基因序列。我想搜索文件中的匹配项，然后从该保守序列开始建立相邻区域。
因此，我基本上需要一个bash命令来搜索fasta文件以获取序列段，并在每个读取中打印比赛的相邻区域。
文件： 物种
输入的Dieverse个人的Fasta文件： 20-30 bp序列
输出： 所有读取序列和相邻区域的读取
I'm trying to reconstruct a gene sequence based on a PoolSeq file of a population (fasta format) and a conserved area. I want to search the file for matches with this sequence and then build up the neighboring area starting from that conserved sequence.
So I basically need a Bash command to search a fasta file for a sequence segment and to print the neighboring region of the match in every read.
File:
Fasta file of dieverse Individuals of a species
Input:
20-30 bp Sequence
Output:
All reads with that sequence and the neighboring region in that read
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评论（1）
您可以尝试使用GREP：
GREP -O -E'。{，20} atgcgt。{，20}'test.fasta描述：
正格的一部分
-o仅显示匹配-e使用扩展的正则：
。{，20}在。{，20}最多20个charyou can try with grep:
grep -o -E '.{,20}ATGCGT.{,20}' test.fastadescription:
-oshow only the part of the line that match-Euse extended regexREGEX:
.{,20}up to 20 any char before.{,20}up to 20 any char after