管道尴尬和grep保存文件的特定字段

Question

我想实现的目标：

• GREP：提取带有重叠号和长度
• 尴尬的行：删除“长度：”第2列
• 排序：按长度（按降序）排序（按降序）

当前代码

grep "length:" test_reads.fa.contigs.vcake_output | awk -F:'{print $2}' |sort -g -r > contig.txt

示例test_reads.fa.contigs的当前代码示例内容。 VCAKE_OUTPUT：

>Contig_11 length:42
ACTCTGAGTGATCTTGGCGTAATAGGCCTGCTTAATGATCGT
>Contig_0 length:99995
ATTTATGCCGTTGGCCACGAATTCAGAATCATATTA

预期输出

>Contig_0 99995
>Contig_11 42

Answer 1

在您显示的样本中，请尝试以下内容以下awk + sort解决方案。

awk -F'[: ]' '/^>/{print $1,$3}' Input_file | sort -nrk2

说明： 简单说明将是，运行awk先于读取input_file，其中将字段分隔符设置为：或空间和检查条件是否从＆gt;开始，然后打印其第一和第二字段，然后将其输出（作为标准输入）发送到sort> sort命令，其中从第二个字段对其进行排序要获得所需的输出。

Answer 2

这是一个gnu-wawk解决方案，它在单个命令中都可以完成所有操作，而无需调用sort：

awk -F '[:[:blank:]]' '
$2 == "length" {arr[$1] = $3}
END {
   PROCINFO["sorted_in"] = "@ind_num_asc"
   for (i in arr)
      print i, arr[i]
}' file

>Contig_0 99995
>Contig_11 42

Answer 3

也许是，将Grep and Awk结合在一起：

awk -F '[ :]' '$2 == "length" {print $1, $3}' file | sort ...

Answer 4

假设：

• 如果多个行的长度相同，则使用“版本”对第一个列进行排序，然后

将一些其他行添加到示例输入中：

$ cat test_reads.fa.contigs.vcake_output
>Contig_0 length:99995
ATTTATGCCGTTGGCCACGAATTCAGAATCATATTA
>Contig_11 length:42
ACTCTGAGTGATCTTGGCGTAATAGGCCTGCTTAATGATCGT
>Contig_17 length:93
ACTCTGAGTGATCTTGGCGTAATAGGCCTGCTTAATGATCGT
>Contig_837 ignore-this-length:1000000
ACTCTGAGTGATCTTGGCGTAATAGGCCTGCTTAATGATCGT
>Contig_8 length:42
ACTCTGAGTGATCTTGGCGTAATAGGCCTGCTTAATGATCGT

一个sed/sort构想：

$ sed -rn 's/(>[^ ]+) length:(.*)$/\1 \2/p' test_reads.fa.contigs.vcake_output | sort -k2,2nr -k1,1V

wery：

• - en - 启用扩展正则支持并抑制输入数据的正常打印
• （＆gt; [^]）+）+） - （1st捕获组） - ＆gt;遵循由1个或多个非空间字符
• 长度： - 空间，然后是长度：
• （。*） - （第二捕获组） - 0或0更多字符（遵循结肠）
• $ - 线的结尾
• \ 1 \ 2/p

  - 打印1st捕获组 + ＆lt; space＆gt; + +第二个捕获组

• -k2,2nr - 在r Everse n umeric order订单
• -k1， 1V - 按v ersion订单中的第1（空格删除）字段进行排序

：

>Contig_0 99995
>Contig_17 93
>Contig_8 42
>Contig_11 42