R-小组社交网络分析，将权重增加到边缘

Question

我正在尝试建立一个简单的物种社交网络及其与其他物种的相互作用。我已经清理并编码了所有数据以具有3列（从，重量），第一列是观察到的物种，第二列是关联物种，重量是观察到该事件的次数。我一生无法弄清楚如何使边缘在视觉上表示重量列。我已经尝试了igraph和visnetwork（见下文）。

在如何在某些边缘增加特定的权重？ /a>， Plot网络图网络边缘的权重python ，在网络中增加重量 , and plotting graph with igraph in R: edge长度与重量成正比，但可惜，它们都在Python中。任何建议都非常感谢！

DPUT数据 -

data <- structure(list(from = c(5L, 5L, 5L, 1L, 1L, 1L, 1L, 4L, 4L, 4L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L), to = c(1L, 2L, 3L, 5L, 4L, 2L, 
3L, 1L, 2L, 3L, 5L, 1L, 4L, 3L, 5L, 1L, 4L, 2L), weight = c(8, 
20, 9, 8, 10, 416, 121, 9, 26, 21, 19, 430, 28, 210, 7, 111, 
20, 203)), row.names = c(NA, -18L), class = "data.frame")

输出 -

from     to       weight
<int>    <int>    <dbl>
5        1       8      
5        2       20     
5        3       9      
1        5       8      
1        4       10     
1        2       416        
1        3       121        
4        1       9      
4        2       26     
4        3       21     
2        5       19     
2        1       430        
2        4       28     
2        3       210        
3        5       7      
3        1       111        
3        4       20     
3        2       203    

我使用新的节点和边缘列表在IGRAPH中制作图形 - 需要分离一些软件包信息，以确保使用正确的软件包。

library(igraph)
library("igraph", quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE, verbose = FALSE)

igraphroutes <- graph_from_data_frame(d = data, vertices = nodes, directed = F)
igraphroutes
plot(igraphroutes)

df_edges <- as_data_frame(igraphroutes, what = "edges")
df_edges <- df_edges[order(df_edges$weight),]
new_graph <- graph_from_data_frame(d = df_edges, vertices = as_data_frame(igraphroutes, what = "vertices"))

E(new_graph)$weight

plot(new_graph)

我还尝试在Visnetwork中工作

require(visNetwork, quietly = TRUE)
library(visNetwork)
data <- as.data.frame(data) %>%
  mutate(weight = as.numeric(data$weight))

plot(igraphroutes, edge.width=E(igraphroutes)$weight)

visNetwork(nodes, data) %>%
  visEdges(nodes, data) %>%
  visIgraphLayout(layout = "layout_with_fr") -> visual
visual

Answer 1

您可以在绘图时使用stright属性用于边缘宽度，例如，

graph_from_data_frame(data) %>%
    plot(edge.width = 5 * E(.)$weight / max(E(.)$weight))

Answer 2

如果使用Visnetwork，则可以将“重量”列重命名为“值”，并且它将自动表示边缘的宽度与节点之间的相互作用数量成正比。