如何在plotly.figure_factory中设置create_dendrogram的distfun

Question

我在 create_dendrogram in plotly.figure_factory 中绘制树状图时遇到一些困难。

默认的linkageFun（ linkageFun ）是完整，距离函数的默认设置（ distfun ）为 scs.distance.pdist 代码>

但是我想要的设置是 jaccard distfun ， for for linke> linking> linking> linke> linkagefun ： 我想要的设置以下显示：

import pandas as pd
import numpy as np
from scipy.spatial.distance import pdist
import matplotlib.pyplot as plt
import scipy.cluster.hierarchy as such

plt.figure(figsize = (10, 10))
disMat = sch.distance.pdist(df, metric='jaccard')
disMat1 = sch.distance.squareform(disMat)
Z=sch.linkage(disMat1,method='average')
Dend=sch.dendrogram(Z,orientation='right')
plt.tick_params(
        axis='y',          
        which='both',      
        direction='in',   
        left=False,      
        right=False,         
        labelleft=False)

我注意到 linkageFun 可以通过 linkefun = lambda x：sch.linkage（x，'faluse'）设置，但是 distFun 无法通过 distfun ='jaccard'设置，我不知道如何设置此功能。

fig = create_dendrogram(df, orientation='left',
                        labels=df.index,
                         distfun='jaccard',
                         linkagefun=lambda x: sch.linkage(x, 'average'))
fig.show()

下面的DF集的示例：

import pandas as pd
df = pd.DataFrame({'1-7':[0,0,1,1,0,1,1],'1-2':[1,0,1,0,0,1,1],'2-3':[1,0,0,0,1,1,0],'2-2':[0,1,0,1,0,1,1],'1-1':[1,0,0,1,0,1,0],'1-3':[0,1,1,1,0,0,0],'1-5':[0,1,0,1,1,0,1]},index=['a','b','c','d','e','f','g'])

由于我需要Dash在网页上绘制图形，因此我似乎必须在Plotly中使用 create_dendrogram 。

Answer 1

您可以从 functions 中使用 partial 来“冻结” scipy.spatial.distance.pdist.pdist 指定距离度量的参数。

    from functools import partial
    from scipy.spatial.distance import pdist
    pw_jaccard_func = partial(pdist, metric='jaccard')

然后将部分函数用作 DistFun 的输入：

fig = create_dendrogram(df, orientation='left',
                        labels=df.index,
                        distfun=pw_jaccard_func ,
                        linkagefun=lambda x: sch.linkage(x, 'average'))