是否有不同列的条件值的R函数？

Question

假设您有一个看起来像这样的数据框架：

df <- tibble(PatientID = c(1,2,3,4,5),
         Treat1 = c("R", "O", "C", "O", "C"),
         Treat2 = c("O", "R", "R", NA, "O"),
         Treat3 = c("C", NA, "O", NA, "R"),
         Treat4 = c("H", NA, "H", NA, "H"),
         Treat5 = c("H", NA, NA, NA, "H"))

Treat 1：Treat5是患者所拥有的不同治疗方法。我希望创建一个新的变量“化学疗法”，其中1个，是0，0否基于患者是否接受过“ C”的治疗。

我一直在使用if_else（），但是由于我的实际数据集中有10个不同的处理变量，而且我想每个治疗列创建这样的列，我想知道我是否可以在不写这么长时间的情况下做到这一点。有一个更简单的方法吗？

Answer 1

使用if_any在start_with'处理'的列上循环，创建一个使用in％ in％ - if_any 返回是/false如果选择的任何列具有特定行的“ C”，则逻辑将使用+转换为二进制（或as.integer））

library(dplyr)
df <- df %>% 
   mutate(Chemo = +(if_any(starts_with("Treat"), ~ .x %in% "C")))

- 输出

df
# A tibble: 5 × 7
  PatientID Treat1 Treat2 Treat3 Treat4 Treat5 Chemo
      <dbl> <chr>  <chr>  <chr>  <chr>  <chr>  <int>
1         1 R      O      C      H      H          1
2         2 O      R      <NA>   <NA>   <NA>       0
3         3 C      R      O      H      <NA>       1
4         4 O      <NA>   <NA>   <NA>   <NA>       0
5         5 C      O      R      H      H          1

---

或使用base r带有rowsums

df$Chemo <- +(rowSums(df[startsWith(names(df), "Treat")] == "C", 
      na.rm = TRUE) > 0)

Answer 2

使用str_detect和的另一个选项，以确定c是否发生在每一行的任何一个c列中。 +将逻辑转换为整数。

library(tidyverse)

df %>%
  rowwise() %>%
  mutate(Chemo = +any(str_detect(c_across(starts_with("Treat")), "C"), na.rm = TRUE)) %>%
  ungroup

输出

  PatientID Treat1 Treat2 Treat3 Treat4 Treat5 Chemo
      <dbl> <chr>  <chr>  <chr>  <chr>  <chr>  <int>
1         1 R      O      C      H      H          1
2         2 O      R      NA     NA     NA         0
3         3 C      R      O      H      NA         1
4         4 O      NA     NA     NA     NA         0
5         5 C      O      R      H      H          1

Answer 3

替代dplyr方式：

library(dplyr)

df %>% 
  mutate(across(starts_with("Treat"), ~case_when(.=="C" ~1,
                                                 TRUE ~0), .names = 'new_{col}')) %>%
  mutate(Chemo = rowSums(select(., starts_with("new")))) %>% 
  select(-starts_with("new"))

  PatientID Treat1 Treat2 Treat3 Treat4 Treat5 Chemo
      <dbl> <chr>  <chr>  <chr>  <chr>  <chr>  <dbl>
1         1 R      O      C      H      H          1
2         2 O      R      NA     NA     NA         0
3         3 C      R      O      H      NA         1
4         4 O      NA     NA     NA     NA         0
5         5 C      O      R      H      H          1