基于 R 中的 apply 函数创建矩阵

Question

我在 R 中有一个像这样的矩阵

dat <- matrix(c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1,
                0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1,
                0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1,
                0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1), ncol = 4)

，我想计算互信息的局部变量 (lv)。对于一对列，我可以使用以下代码来查找 lv ，

dat <- dat[,c(1,2)]
#install.packages("rinform")
library(rinform)
library(devtools)
#install_github("ELIFE-ASU/rinform")
#install_github("ELIFE-ASU/rinform", ref = "dev")
library(rinform)
mutual_info(dat)
mi <- mutual_info(dat, local = T)
mi <- as.matrix(mi)

结果是：

> mi
            [,1]
 [1,] -1.0000000
 [2,] -1.0000000
 [3,]  0.2223924
 [4,]  0.2223924
 [5,]  0.2223924
 [6,]  0.2223924
 [7,]  0.2223924
 [8,]  0.2223924
 [9,]  0.2223924
[10,]  0.2223924
[11,]  0.2223924
[12,]  0.2223924
[13,]  0.2223924
[14,]  0.2223924
[15,]  0.2223924
[16,]  0.2223924
[17,]  1.5849625
[18,]  1.5849625
[19,]  1.5849625
[20,] -1.5849625

如何创建一个矩阵，其中每列将具有每对的 mi 值？尝试使用 apply 函数但无法使其工作。输出结果必须是一个包含所有成对列组合的20x6矩阵，即上面的dat[,c(1,2)]的mi过程，dat[,c(1,3)], dat[,c(1,4)], dat[,c(2,3)] >, dat[,c(2,4)]，dat[,c(3,4)]。有人可以帮助我吗？

Answer 1

我无法验证这种方法，因为我不知道rinform软件包。您可以尝试

apply(combn(1:4, 2), 2, function(i) mutual_info(dat[, i], locale = TRUE))

• combn（1：4，2）从1：4中创建两个元素的矩阵。
• 我们将其用作应用函数的输入来生成结果。

命名

如果将新数据保存到矩阵中，

new_data <- apply(combn(1:4, 2), 2, function(i) mutual_info(dat[, i], locale = TRUE))

则可以使用相同的方法命名列：

colnames(new_data) <- apply(combn(1:4, 2), 2, function(i) paste0("V", i, collapse = ""))